分公司清退员工时，经济补偿金一般由分公司承担，但具体承担主体还需根据分公司的法律地位及实际情况来确定。以下是从不同角度的详细分析：
分公司具有独立法律地位时：
- 如果分公司依法取得营业执照，具备独立的法律地位，能够独立承担民事责任，那么在经济补偿金的支付上，分公司应作为独立的用人单位来承担责任。这意味着，当分公司清退员工且符合支付经济补偿的情形时，经济补偿金应由分公司自行支付。
分公司不具有独立法律地位时：
- 如果分公司未依法取得营业执照，或者虽然取得营业执照但不具备独立的法律地位，无法独立承担民事责任，那么在经济补偿金的支付上，可能需要由总公司来承担。这是因为，在这种情况下，分公司实际上被视为总公司的一个组成部分，其民事责任应由总公司来承担。
分公司与总公司存在内部约定时：
- 在某些情况下，分公司与总公司之间可能存在内部约定，关于经济补偿金的支付责任由哪一方来承担。如果这种约定不违反法律法规的强制性规定，且对员工具有约束力（例如，员工在入职时已知晓并同意该约定），那么经济补偿金的支付责任可以按照约定来执行。但需要注意的是，这种内部约定不能损害员工的合法权益。
特殊情况下的责任承担：
- 如果分公司因违法解除劳动合同等原因需要支付赔偿金（而非经济补偿金），且分公司无法独立承担该责任，那么总公司可能需要承担连带责任。此外，如果分公司被撤销或注销，且其民事责任未得到妥善处理，员工也可以向总公司主张权利。
法律建议：
- 对于员工而言，在面临分公司清退时，应首先了解分公司的法律地位及内部约定情况，以便确定经济补偿金的支付责任主体。如果分公司拒绝支付或无法支付经济补偿金，员工可以向总公司主张权利，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
- 对于分公司和总公司而言，应明确各自在经济补偿金支付上的责任和义务，避免产生纠纷。同时，在清退员工时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合法合规地处理员工的补偿事宜。
可能涉及的法律后果：
- 如果分公司或总公司未按照法律法规的规定支付经济补偿金或赔偿金，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求支付相应的经济补偿金或赔偿金。在极端情况下，如果分公司或总公司的行为构成违法犯罪（如恶意拖欠工资等），还可能面临刑事责任的追究。
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