结论前置：建设单位能否将门窗工程单独发包，需根据具体情况判断，包括工程性质、规模、法律法规以及合同约定等因素。在符合一定条件并遵循相关规定的前提下，建设单位可以单独发包门窗工程。
详细分析：
直接发包的合法性基础：
- 非必须招标项目：根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》及相关法律法规，若门窗工程不属于必须进行招标的项目范围，且工程总投资额较小或单项合同估算价未达到法定招标规模标准，建设单位有权依法直接发包给具备相应资质的施工单位。
- 特殊技术要求：当门窗工程采用特殊工艺或新型材料，只有特定供应商具备技术和施工能力时，建设单位可直接发包以满足项目需求，这也是直接发包的一种合法情形。
直接发包应满足的条件：
- 资质审查：建设单位在选择承接单位时，必须确保其具备建筑门窗工程专业承包资质，并根据工程规模和复杂程度选择合适资质等级的企业，以保障工程质量和施工安全。
- 合同签订：建设单位与承接单位必须签订书面合同，明确双方权利义务，包括工程范围、质量标准、工期、价款支付方式及违约责任等，以规范双方行为并确保工程顺利进行。
- 备案手续：部分地区要求将直接发包情况向当地建设行政主管部门备案，建设单位应提交相关资料以接受行政监管，确保发包行为合法合规。
必须招标项目的限制：
- 若项目整体属于必须进行招标的范围，且门窗工程作为其中一部分达到了法定招标规模标准（如施工单项合同估算价在400万元人民币以上），则必须通过招标程序确定承包人，不能直接发包。
合同约定与总承包单位意见：
- 总承包合同有约定：若总承包合同中已明确约定建设单位可将门窗工程等特定部分直接发包，则建设单位依约进行发包是合法有效的。
- 总承包单位同意：即使总承包合同无相关约定，若经总承包单位书面同意，建设单位也可将门窗工程发包给具有相应资质的单位。此时，相关的同意文件应明确分包工程的范围、质量要求、工期要求等，以避免后续纠纷。
法律建议与风险提示：
- 合法合规发包：建设单位在决定门窗工程发包方式时，应严格遵守相关法律法规，确保发包行为合法合规。避免因违法发包而导致的法律纠纷和风险。
- 注重资质审查：在选择承接单位时，务必进行严格的资质审查，确保其具备相应的专业能力和经验，以保障工程质量和施工安全。
- 明确合同条款：签订书面合同时，应详细列明双方的权利和义务，包括工程质量标准、工期安排、价款支付方式等关键条款，以确保合同执行的清晰性和可操作性。
- 加强监督与管理：在施工过程中，建设单位应加强对承接单位的监督与管理，确保工程质量和进度符合合同要求。及时处理施工中出现的问题，避免纠纷的发生。
总结：建设单位在符合法律规定及合同条款的前提下，可以将门窗工程单独发包。但在此过程中，必须注重承接单位的资质审查、合同条款的明确性以及施工过程中的监督与管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。