总包单位在面对建设单位将门窗工程单独发包的情况时，可以采取以下措施来应对：

1. 核查合同条款：

   • 首先，总包单位应仔细审查与建设单位签订的总承包合同，特别是关于工程分包、专业工程发包以及总包管理责任等方面的条款。
   • 如果合同中明确规定了总包单位对门窗工程等特定部分也享有承包权，或者对建设单位单独发包有明确的限制或要求，那么总包单位可以依据合同条款与建设单位进行协商，要求建设单位遵守合同约定。

2. 与建设单位沟通协商：

   • 总包单位应积极与建设单位进行沟通，了解建设单位单独发包门窗工程的具体原因和考虑。
   • 在沟通过程中，总包单位可以强调自身在项目管理、质量控制、进度协调等方面的优势，以及单独发包可能带来的管理协调难度增加、责任划分不清等问题。
   • 尝试与建设单位达成一致，将门窗工程重新纳入总承包范围，或者至少确保总包单位在门窗工程的施工管理、质量控制等方面享有相应的权利和责任。

3. 评估影响并制定应对策略：

   • 如果建设单位坚持单独发包门窗工程，总包单位需要评估这一变化对项目整体进度、质量、成本等方面的影响。
   • 根据评估结果，总包单位可以制定相应的应对策略，如加强与其他分包单位的协调配合、增加对门窗工程的质量监督和检查频次、调整项目进度计划等。

4. 明确责任划分与界面管理：

   • 在门窗工程单独发包的情况下，总包单位应与建设单位、门窗工程分包单位明确各自的责任划分和界面管理。
   • 通过签订补充协议或会议纪要等形式，明确总包单位在门窗工程施工过程中的管理责任、协调责任以及质量、安全等方面的监督责任。
   • 同时，也要求门窗工程分包单位遵守总包单位的项目管理制度和规定，确保门窗工程的施工质量和进度符合项目整体要求。

5. 依法维护自身权益：

   • 如果建设单位单独发包门窗工程的行为违反了相关法律法规或合同条款，总包单位可以依法向建设单位提出异议或索赔。
   • 在必要时，总包单位还可以寻求法律途径解决争议，维护自身的合法权益。

在处理此类情况时，总包单位应保持冷静和理性，通过合法合规的方式与建设单位进行沟通和协商，以达成对项目整体最有利的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。