总包将承包的门窗工程再整体分包是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否满足合法分包的条件。以下是对此问题的详细分析：
一、合法分包的条件
总承包合同中有明确约定：
- 若总承包合同中明确允许门窗工程进行分包，则总承包商有权依据合同约定选择有资质的分包单位进行分包。这是确保分包行为合法性的首要条件。
建设单位的书面认可：
- 即使总承包合同中未明确提及分包事宜，若总承包商因施工能力或其他合理原因需将门窗工程分包，应事先获得建设单位的书面同意。建设单位的认可文件是分包行为合法性的重要依据。
分包单位具备相应资质：
- 分包单位必须持有有效的门窗工程专业承包资质证书，且其资质等级应与所承担的工程规模相匹配。这是保障工程质量与安全的基础。
二、违法分包的情形
未经同意的分包：
- 若总承包合同未约定且建设单位未认可，总承包商擅自将门窗工程分包，则属于违法行为。
分包给无资质单位或个人：
- 将门窗工程分包给不具备专业承包资质的单位或个人，是严重违法行为。此类分包可能导致工程质量无法保障，存在重大安全隐患，且分包合同无效，涉及方需承担法律责任。
再分包（转包）禁止：
- 分包单位不得将其承包的门窗工程再次分包，除非符合劳务作业分包等特殊规定。层层转包易导致工程管理混乱，责任不清，严重影响工程质量与进度。
主体结构分包限制：
- 尽管在一般建筑工程中门窗安装通常不属于主体结构，但特殊建筑可能例外。若门窗工程被视为建筑物主体结构的一部分，则不得进行分包。
三、实际操作建议
- 审查总承包合同：总承包商在考虑门窗工程分包时，应首先审查总承包合同条款，确保分包行为符合合同约定及法律法规要求。
- 取得建设单位书面认可：若合同未明确分包事宜，应及时与建设单位沟通并取得书面认可，确保分包行为的合法性。
- 严格审查分包单位资质：选择分包单位时，应严格审查其资质证书及过往业绩，确保分包单位具备完成工程所需的技术实力和管理能力。
- 避免违法分包情形：总承包商应避免涉及主体结构分包及再分包等违法情形，以免引发法律纠纷及工程质量问题。
四、法律后果
若总承包商违法分包门窗工程，可能面临以下法律后果：
- 分包合同无效：违法分包导致的分包合同无效，无法获得法律保护。
- 承担法律责任：总承包商需对违法分包行为承担法律责任，包括但不限于罚款、赔偿损失等。
- 影响企业信誉：违法分包行为可能损害总承包商的企业信誉，影响其未来承接工程的能力。
综上所述，总包将承包的门窗工程再整体分包需谨慎操作，确保符合相关法律法规及合同要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。