结论：公司经员工同意，以员工本人身份证注册淘宝店开个人账户，这一行为本身并不直接构成违法，但存在多重法律风险与合规隐患，需谨慎对待。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律风险层面
身份冒用与信用风险：
- 即便员工同意，公司使用其身份证注册淘宝店，仍可能涉及身份冒用问题。若店铺运营中出现违法违规行为（如销售假冒伪劣商品、侵犯知识产权等），员工可能因身份证被使用而承担不必要的法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
- 此外，若公司利用员工身份证注册的店铺进行贷款、担保等金融活动，员工可能面临信用受损的风险，影响其个人征信记录。
税务合规风险：
- 淘宝店铺作为经营主体，需依法进行税务登记并缴纳税款。若公司以员工名义注册店铺，但实际经营收益归公司所有，则可能涉及税务隐瞒或偷逃税款的问题。一旦被税务机关查处，不仅公司需承担法律责任，员工也可能因作为名义经营者而受到牵连。
劳动法律关系风险：
- 若公司以员工身份证注册店铺，并要求员工负责店铺运营，但未明确双方的权利义务关系（如是否属于工作任务、是否支付额外报酬等），则可能引发劳动争议。员工可能主张公司应为其提供劳动保护、支付劳动报酬等，而公司则可能以员工自愿为由进行抗辩。
二、合规建议层面
明确双方权利义务：
- 若公司确实需要以员工名义注册淘宝店，应与员工签订书面协议，明确双方的权利义务关系。协议中应包括店铺的经营范围、收益分配、风险承担、税务处理等内容，以确保双方权益得到保障。
加强身份验证与授权管理：
- 公司应建立严格的身份验证与授权管理制度，确保员工身份证的使用得到合法授权。同时，应定期对店铺的运营情况进行审查，确保店铺的运营活动符合法律法规和公司规定。
考虑设立独立经营主体：
- 为避免潜在的法律风险，公司可考虑设立独立的经营主体（如子公司、分公司或个体工商户）来运营淘宝店。这样不仅可以明确经营责任，还可以降低员工因身份证被使用而承担的法律风险。
三、法律后果层面
- 若公司未经员工同意或超出员工授权范围使用其身份证注册淘宝店，并因此给员工造成损失的，员工有权要求公司承担赔偿责任。
- 若公司利用员工身份证注册的店铺进行违法违规活动，被相关机关查处的，公司及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
综上所述，公司经员工同意以员工本人身份证注册淘宝店开个人账户，虽不直接违法，但存在多重法律风险与合规隐患。为确保双方权益得到保障，公司应谨慎对待此事，并采取必要的合规措施。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。