雇主在端午节休息扣工资的行为一般是不合法的，你有权要求雇主补发工资。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法定节假日的法律规定
   根据《全国年节及纪念日放假办法》，端午节属于法定节假日，全体公民享有1天的带薪休假权利。这意味着，即使你在端午节当天未提供劳动，雇主也应当按照你正常工作日的工资标准支付报酬，不得以任何理由克扣或降低工资。

2. 工资支付的合法性分析
   若雇主以“休息未工作”为由扣减工资，可能涉及以下违法行为：

   • 违反《劳动法》第五十一条：明确规定劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。
     
   • 违反《工资支付暂行规定》第十一条：劳动者依法享受年休假、探亲假、婚丧假、丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。端午节作为法定节假日，同样适用此规定。
     

3. 维权建议

   • 与雇主协商：首先可与雇主沟通，明确指出端午节为法定节假日，要求补发被扣工资。
     
   • 收集证据：保留劳动合同、工资条、考勤记录等证据，证明雇主存在克扣工资的行为。
     
   • 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），或通过劳动仲裁委员会申请仲裁（需在纠纷发生后1年内提出）。
     

4. 特殊情况说明
   若你与雇主签订的劳动合同中明确约定“法定节假日休息需扣减工资”，该条款可能因违反法律强制性规定而无效。法定节假日的带薪休假是法定权利，不得通过合同约定排除。

总结：雇主的行为缺乏法律依据，你有权通过合法途径维护自身权益。若需进一步帮助，可直接向我咨询具体操作流程。