小车等红灯停在摩托车等待区是否扣分，主要取决于该路口的车道划分、交通标志标线以及当时的交通状况。以下是对这一问题的详细分析：
车道划分与通行规则：
- 在多数情况下，摩托车道和小车道并未做严格物理隔离或区分，同属于机动车道的一部分。因此，小车在这些未严格区分的车道内等待红绿灯，通常不构成违法行为，也就不会被扣分。
专用车道规定：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第三十七条，道路划设专用车道的，在专用车道内，只准许规定的车辆通行，其他车辆不得进入专用车道内行驶。
- 如果道路划设了摩托车专用车道，并且标有相应的交通标志或标线，那么只有摩托车等规定的车辆可以在此车道内行驶。小车若违规停入摩托车专用车道，将违反此规定，可能面临扣分（一般为2分）和罚款的处罚。
特殊情况的考量：
- 在交通拥堵、前方道路施工或发生交通事故等特殊情况下，小车为保持整体交通秩序或避免更严重的交通问题，临时借用摩托车道等待绿灯，通常不会被认定为违规。
- 不同地区对于这类行为的认定和处罚可能存在差异，实际执法时会综合考虑当时的具体交通状况和有无特殊情形。
建议与注意事项：
- 驾驶员应密切关注路况和交通标志标线，确保在正确的车道内行驶和停车。在不确定车道性质时，应谨慎驾驶，避免违规。
- 在遇到不确定的情况时，可以及时查询相关法律法规或咨询当地交通管理部门，以避免不必要的违法行为和处罚。
- 严格遵守交通规则，不仅是为了避免处罚，更是为了自身和他人的交通安全。
综上所述，小车等红灯停在摩托车等待区是否扣分，需根据具体情况判断。在未明确划分专用车道的情况下，一般不会被扣分；但在设有摩托车专用车道且标有相应标志的路段，小车应严格遵守规定，避免违规停入。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。