结论：红灯时将机动车停在非机动车等待区是否扣分，需根据具体情况判断，一般情况下可能会扣分并处罚款，但特殊情况下如交通拥堵借道或紧急避险则通常不会扣分。以下是对不同情况的详细分析：

1. 一般情况会扣分：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第三十七条，道路划设专用车道的，只准许规定的车辆通行。非机动车道作为专用车道，仅供非机动车行驶。机动车若停入非机动车道，即违反了此法律规定，属于不按所需行进方向驶入导向车道或占道行驶。
   • 依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及各地交通管理规定，此类行为通常会被认定为不按规定车道行驶，一般会扣1分（部分地区可能扣2分至6分不等），并处以二十元以上二百元以下的罚款。例如，若机动车在红灯时完全进入非机动车道并继续行驶，有可能被视为闯红灯，按照闯红灯处理，将罚款200元，记6分。

2. 特殊情况通常不扣分：

   • 交通拥堵借道：若前方机动车道拥堵严重，且交通警察指挥车辆临时借用非机动车道通行，此时按交警指挥在非机动车道停车等红绿灯，不会被扣分罚款。因为根据法律规定，交通参与者应当服从交通警察的现场指挥。
   • 紧急避险：如机动车在正常行驶时突发故障（如爆胎、发动机故障等），为避免影响交通和自身安全，不得已将车移至非机动车道并在红绿灯处停车，后续能提供合理证据（如故障维修记录等）证明情况紧急，一般不会被认定为违规，因此也不会扣分。

3. 其他注意事项：

   • 如果机动车在红灯时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，且没有进入非机动车道内行驶，交管部门一般不会对其进行处罚。
   • 无论是否扣分，占用非机动车道停车都是违反交通法规的行为，容易引发交通事故，扰乱道路交通秩序。因此，驾驶员应严格遵守交通法规，确保行车安全，避免不必要的法律风险和损失。

建议与提醒：

• 为避免不必要的处罚和确保道路交通安全，驾驶人在行驶过程中应严格遵守《中华人民共和国道路交通安全法》中关于专用车道的规定，按照交通信号和道路标线指示行驶。
• 如果不小心误入非机动车道，应尽快在允许的情况下并入机动车道，并注意观察周围交通情况，确保安全。
• 了解并遵守当地具体的交通管理规定也是非常重要的，因为不同地区的交通管理规定可能存在差异。

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