结论：行驶刚过等待区红灯亮了停车，一般情况下不会被扣分，但需根据具体情况判断是否构成违章。

分析说明：

1. 红灯亮起时车辆位置的影响：

   • 如果车辆在红灯亮起时，已经完全越过了停止线（即等待区），并且继续前行不会影响其他车辆和行人的正常通行，那么此时停车通常不会被视为违章行为，因此不会被扣分。
   • 如果车辆在红灯亮起时，虽然已经越过了停止线，但停在了路口中央或影响了其他车辆和行人的通行，那么这种行为可能被视为“闯红灯”或“妨碍交通”，从而面临扣分和罚款的处罚。不过，从您描述的情况来看，车辆是“停车”而非继续前行，所以这种情况相对较少见。

2. 交通信号灯的识别与遵守：

   • 驾驶员应时刻注意交通信号灯的变化，确保在红灯亮起前能够安全地停在停止线内。
   • 如果因疏忽或判断失误导致车辆在红灯亮起时越过了停止线，应立即停车并等待下一个绿灯亮起后再继续行驶，以避免可能的违章和事故风险。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如前方车辆故障、交通事故等导致交通堵塞，车辆可能无法在红灯亮起前停在停止线内。此时，驾驶员应保持冷静，按照交通警察的指挥或现场情况合理行驶，通常不会被视为违章。
   • 如果驾驶员对交通信号灯的识别或遵守存在疑问，可以及时向交通警察咨询或查看相关的交通法规和规定。

法律建议：

• 驾驶员在行驶过程中应时刻保持警惕，注意交通信号灯的变化，确保安全行驶。
• 如果因特殊情况导致车辆在红灯亮起时越过了停止线，应立即停车并等待下一个绿灯亮起后再继续行驶。
• 如果对交通违章的判定存在疑问或争议，可以及时向交通管理部门提出申诉或咨询专业律师的意见。

后续行动：

• 如果您确实遇到了此类情况，并且担心可能被扣分或罚款，可以查看自己的行车记录仪或交通监控录像，以确认车辆在红灯亮起时的具体位置和行为。
• 如果确认自己没有违章行为，但收到了违章通知，可以向交通管理部门提出申诉并提供相关证据。
• 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。