摩托车违章扣分是否会扣小车驾驶证的分，取决于驾驶员持有的驾驶证类型及是否具备驾驶摩托车的资格。以下是详细分析：

1. 若驾驶证上同时包含小车与摩托车的准驾车型：

   • 在这种情况下，驾驶证通常是一个合并的驾驶证，如“C1E”或“C1D”。无论是驾驶摩托车还是小车违反交通规则，扣分都会记录在这本统一的驾驶证上。驾驶证的总记分周期和满分分值是统一的，即12个月为一个记分周期，满分为12分。

2. 若仅持有小车驾驶证而未增驾摩托车：

   • 此时，驾驶员并不具备驾驶摩托车的资格。若驾驶摩托车被交警查到，将被视为“与准驾车型不符”，这是一种严重的交通违法行为。驾驶员将面临罚款、扣分（通常会扣掉C1驾驶证的9分，依据2022年4月1日新交规实施后的标准）以及摩托车被扣留的处罚。更为严重的是，如果因此发生交通事故，保险公司可能会拒绝理赔，且驾驶员可能需承担刑事责任。

综上所述，摩托车违章扣分对小车驾驶证的影响取决于驾驶员的驾驶证类型及其是否具备驾驶摩托车的合法资格。为避免不必要的法律风险和损失，建议驾驶员在驾驶任何车辆之前，务必确保自己的驾驶证具备相应的准驾车型，并严格遵守交通规则。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。