摩托车违章扣小车证是不合法的。以下从几个方面为你详细解释：

一、驾驶证的独立性

在我国，驾驶证是按照不同车型进行分类管理的，每种车型的驾驶证都有其独立的编号、有效期和记分周期。摩托车驾驶证和小车驾驶证是两种不同类型的驾驶证，它们之间在管理上是相互独立的。因此，摩托车违章时，应当只针对摩托车驾驶证进行记分或处罚，而不应影响到小车驾驶证。

二、法律条款的明确规定

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，以及《机动车驾驶证申领和使用规定》等相关法律法规，对于交通违法行为的处罚，都是针对具体的驾驶证类型进行的。例如，如果摩托车驾驶人违反了交通规则，那么应当根据摩托车的驾驶证进行记分或罚款，而不会涉及到小车驾驶证。

三、实际操作中的不合规性

在实际操作中，如果交通管理部门因为摩托车违章而扣除了小车驾驶证的分数，这种做法是不合规的。驾驶人有权向交通管理部门提出异议，并要求其纠正错误的处罚决定。如果交通管理部门拒绝纠正，驾驶人还可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

四、可能的法律后果

如果交通管理部门错误地扣除了小车驾驶证的分数，驾驶人可能会因此面临不必要的麻烦和损失。例如，小车驾驶证的分数被扣完后，驾驶人可能需要参加交通安全教育并重新考试才能恢复驾驶资格，这会给驾驶人的生活和工作带来不便。因此，驾驶人在遇到这种情况时，应当及时向交通管理部门提出异议，并寻求法律帮助。

建议：

• 驾驶人在驾驶摩托车或小车时，应当严格遵守交通规则，避免违章行为的发生。
• 如果遇到交通管理部门错误处罚的情况，驾驶人应当及时向交通管理部门提出异议，并保留好相关证据以便后续维权。
• 如有需要，驾驶人可以咨询专业律师（比如我），了解具体的法律程序和维权途径。