结论：直行红灯时车辆不小心停在左转弯等待区是否扣分，需根据车辆进入待转区的具体时机和交通信号灯的状态来判断。一般情况下，若车辆合法进入待转区后遇红灯停车等待，不会扣分；但若违规进入或影响交通等，则可能面临扣分及罚款处罚。
详细分析：
合法进入与停车不扣分的情况：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，当直行信号灯为绿灯，且左转弯信号灯为红灯（或熄灭状态，根据路口实际配置）时，车辆可以进入左转弯待转区等候。此时，车辆是按照交通规则的指示进行通行准备，若随后红灯亮起，车辆应在待转区内停车等待，此操作符合交通规则，不会被扣分。
- 车辆在红灯亮起前已越过停止线并完全进入待转区，即使红灯亮起时仍在待转区内停止，也不算闯红灯或违章停车。设置待转区的目的正是为了提高路口通行效率，因此这种停车行为是合法的。
可能扣分的情况：
- 违规进入待转区：如果车辆在直行信号灯也是红灯时，或者左转信号灯明确为红灯时，仍然强行进入左转弯待转区，这种行为将被视为“不按交通信号灯规定通行”的违法行为。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，此类行为一次记6分，并可能面临罚款200元的处罚（具体罚款金额可能因地区而异）。
- 影响交通秩序：虽然车辆在待转区红灯时停车本身不扣分，但若停车时间过长，影响了其他车道的正常通行，造成交通拥堵或安全隐患，可能会被认定为交通违法行为，从而受到扣分和罚款的处罚。
- 违反禁停标志：如果待转区内有明确的禁停标志或标线，而车辆仍然在此停车，那么这种行为将被视为违章停车，同样会受到扣分和罚款的处罚。
建议与注意事项：
- 严格遵守交通规则：驾驶员应密切关注交通信号灯的变化，并严格按照交通规则的指示行驶，避免因违规行为而受到处罚。
- 注意交通标志和标线：在进入待转区前，驾驶员应仔细观察路口的交通标志和标线，确保自己有权且合法地进入待转区。
- 确保安全停车：在待转区红灯停车时，驾驶员应确保自己的停车行为不会影响其他车辆和行人的正常通行，同时密切关注交通信号灯的变化及周围的交通状况，以确保自身和他人的安全。
综上所述，直行红灯时车辆不小心停在左转弯等待区是否扣分，需根据具体情况来判断。合法进入并遵守交通规则的情况下一般不会扣分；但若存在违规行为或影响交通秩序等情况，则可能面临相应的处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。