结论：合同约定“项目经理不在现场扣款”条款的合法性需分情况讨论，其效力取决于条款是否违反法律强制性规定、是否显失公平，以及是否符合合同自由原则。以下从不同角度展开分析：

1. 合同自由原则下的合法性

根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人有权在合同中约定权利义务，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，条款即有效。

• 若条款明确约定“项目经理不在现场时，发包方有权按比例扣款”，且双方自愿签署、内容具体明确（如扣款标准、触发条件等），该条款通常合法有效，属于双方对违约责任的约定。
  
• 例外情形：若扣款金额显著高于实际损失（如约定扣款为合同总价的50%，但实际损失仅10%），可能因违反《民法典》第585条“违约金过高可调整”的规定，被法院或仲裁机构调整。

2. 条款显失公平的风险

若项目经理不在现场的原因非其主观过错（如不可抗力、发包方指令调整等），或扣款条款未区分责任归属（如未约定“因项目经理故意或重大过失不在场时扣款”），则可能因显失公平被撤销。

• 法律依据：《民法典》第151条、第497条，若一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使合同权利义务明显失衡，受损害方有权请求撤销条款。
  
• 实务建议：条款中应明确“项目经理不在现场”的具体情形（如无故缺席、未提前报备等），避免笼统约定。

3. 与行业惯例的关联性

若合同涉及建设工程等领域，项目经理到场可能属于行业强制性要求（如《建设工程质量管理条例》规定项目经理需对施工质量负责），此时扣款条款可能被认定为对法定义务的补充，合法性更高。

• 但需注意：即使行业有惯例，扣款仍需以实际损失为限，不得通过条款变相获取额外利益。

4. 实务操作建议

• 对发包方：条款需明确扣款标准（如按日扣款比例）、触发条件（如未提前通知、缺席时长等），并保留项目经理不在场的证据（如签到记录、监理报告）。
  
• 对承包方：可要求在合同中增加“非因承包方原因导致项目经理不在场时，不适用扣款”的例外条款，或约定扣款上限（如不超过合同总价的1%）。

总结：该条款的合法性需结合具体条款内容、双方过错程度及行业规范综合判断。若您是合同一方，建议根据实际需求调整条款，避免因约定模糊引发纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款的合法性审查。