结论：合同被勾抹且员工按了手印但公司未盖章，对员工的影响取决于多个因素，包括合同内容、勾抹部分的重要性、双方的实际履行情况以及是否存在其他证据证明合同内容等。以下从不同角度进行详细分析：
合同效力问题：
- 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同自双方当事人签字或者盖章时成立。若合同中员工已按手印，但公司未盖章，从形式上看，合同可能尚未完全成立。然而，若双方已实际履行合同主要义务，且对方接受的，该合同仍可能被认定为成立。
- 勾抹部分的影响：合同中的勾抹部分若涉及合同的主要条款或实质性内容，且未经双方协商一致进行修改，可能影响合同的效力。特别是如果勾抹部分改变了原合同的意思表示，且公司未对此表示认可，那么这部分修改可能不被法律所承认。
对员工权益的具体影响：
- 若合同未成立或无效：员工可能无法依据该合同主张权利，如工资、福利、工作条件等。此时，员工可能需要依据其他法律规定或双方的实际约定来维护自己的权益。
- 若合同部分有效：如果合同中的某些条款（如非实质性条款）因勾抹而无效，但其他条款仍然有效，员工可以依据有效条款主张权利。然而，这可能需要员工提供额外的证据来证明这些条款的存在和内容。
- 实际履行情况：如果双方已按照合同（包括勾抹后的部分）实际履行了义务，且没有争议，那么合同可能被视为有效。在这种情况下，员工可以依据实际履行情况来主张自己的权益。
法律建议：
- 收集证据：员工应尽可能收集与合同相关的所有证据，包括原始合同、勾抹后的合同、双方沟通记录、实际履行情况的证据等。这些证据将有助于证明合同的内容、双方的意思表示以及实际履行情况。
- 协商解决：在可能的情况下，员工应与公司进行协商，尝试就合同内容达成一致意见。如果双方能够就合同内容达成补充协议或修改协议，那么这将有助于解决争议并维护员工的权益。
- 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师将能够根据具体情况提供法律意见，并帮助员工制定合适的维权策略。
特殊情况说明：如果合同中的勾抹部分是由公司单方面进行的，且未经员工同意，那么这部分修改可能无效。员工有权拒绝承认这部分修改，并依据原合同内容主张自己的权益。
后续行动建议：员工应密切关注合同的实际履行情况，并保留好所有相关证据。如果与公司发生争议，应及时寻求法律援助或咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。