结论：在劳动合同乙方员工签名处盖了公司章，一般情况下不会产生严重的法律后果，但可能存在一些潜在风险，具体影响需分情况讨论。
一、一般情况分析
从常规的法律逻辑和合同签订流程来看，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。乙方员工签名处本应是劳动者本人签字确认合同内容的地方，而公司章通常加盖在用人单位落款处，以表明用人单位对合同内容的认可和接受。如果在乙方员工签名处盖了公司章，这并不影响劳动合同本身的法律效力，因为合同的核心在于双方对合同条款的协商一致和真实意思表示。只要合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他导致合同无效或可撤销的情形，该劳动合同仍然是有效的。
二、潜在风险分析
身份混淆风险：
- 在乙方签名处加盖公司章，可能会在后续产生关于合同签订主体身份的混淆。例如，在发生劳动争议时，对方可能会主张该签名处的盖章表明公司也作为劳动者一方参与了合同签订，这显然是不符合事实的，但可能会给争议解决带来一定的复杂性。
合同履行风险：
- 虽然合同本身有效，但如果因为盖章位置的问题导致双方对合同条款的理解产生分歧，或者在实际履行过程中出现争议，可能会影响到合同的顺利履行。例如，关于工资支付、工作时间、福利待遇等条款的履行，如果因为盖章位置的问题导致双方产生误解，可能会引发不必要的纠纷。
证据效力风险：
- 在劳动争议仲裁或诉讼中，劳动合同是重要的证据之一。如果因为盖章位置的问题导致劳动合同的证据效力受到质疑，可能会影响到案件的审理结果。例如，对方可能会主张该盖章行为表明公司对合同内容的认可存在瑕疵，从而试图否定合同的某些条款或整体效力。
三、建议措施
及时更正：
- 如果发现劳动合同乙方员工签名处盖了公司章，建议及时与劳动者沟通，说明情况，并在双方同意的情况下，重新签订一份正确的劳动合同，或者对原合同进行补正，如由劳动者在正确的位置重新签字，并由公司加盖公章确认。
保留证据：
- 在更正或补正合同的过程中，建议保留好相关的证据，如沟通记录、更正后的合同文本等，以备不时之需。这些证据可以在后续发生争议时，证明双方对合同内容的真实意思表示和合同的履行情况。
咨询专业律师：
- 如果对合同盖章问题存在疑虑或担忧，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。我可以根据具体情况，为你提供详细的法律分析和解决方案。
总结：在劳动合同乙方员工签名处盖了公司章，虽然一般情况下不会产生严重的法律后果，但为了避免潜在的风险和纠纷，建议及时更正或补正合同，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。