建设工程肢解发包的处罚，是依据整个工程的大合同价款来计算罚款，而非依据各个小合同的价款分别计算。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与处罚原则

根据《建设工程质量管理条例》第五十五条的规定，建设单位将建设工程肢解发包的，将被责令改正，并处以工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款。这里的“工程合同价款”指的是整个建设工程的合同价款，即大合同的价款，而非各个小合同的价款之和或分别计算。这一规定体现了对肢解发包行为的严厉打击，旨在维护建筑市场的秩序和公平竞争。

二、处罚的具体实施

1. 罚款计算：

   • 罚款的数额是根据整个建设工程的合同价款来确定的，具体比例在0.5%至1%之间浮动。
   • 例如，如果一个建设工程的合同价款为1000万元，那么建设单位因肢解发包可能面临的罚款数额将在5万元至10万元之间。

2. 其他处罚措施：

   • 除了罚款外，建设单位还可能面临责令改正、降低资质等级、吊销资质证书、停业整顿以及市场准入限制等处罚。
   • 这些处罚措施的实施将根据肢解发包行为的严重程度和造成的后果来决定。

三、肢解发包的危害与法律后果

1. 危害：

   • 肢解发包可能导致工程质量下降、工期延误以及成本增加等问题。
   • 它还可能破坏建筑市场的公平竞争环境，损害其他合法承包单位的利益。

2. 法律后果：

   • 除了上述行政处罚外，建设单位还可能因肢解发包行为承担民事赔偿责任。
   • 如果肢解发包行为构成犯罪，如涉及贪污、受贿等违法行为，还将依法追究刑事责任。

四、建议与总结

1. 建议：

   • 建设单位应严格遵守相关法律法规，避免将建设工程肢解发包。
   • 在选择承包单位时，应确保承包单位具备相应的资质和能力，以保障工程的质量和进度。

2. 总结：

   • 建设工程肢解发包是一种严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。
   • 处罚的依据是整个建设工程的合同价款，即大合同的价款。
   • 建设单位应增强法律意识，遵守相关法律法规，以维护建筑市场的秩序和公平竞争。

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