针对您提出的“肢解发包的处罚中，合同价款是指整个工程造价还是被肢解的部分工程造价”的问题，我给出以下分析：
结论：在肢解发包的处罚中，所提及的“合同价款”应当是指整个工程造价，而非被肢解的部分工程造价。
分析说明：
法规依据：根据《建设工程质量管理条例》第五十五条的规定，建设单位将建设工程肢解发包的，将受到责令改正以及处工程合同价款百分之零点五以上百分之一以下的罚款等处罚。此处的“工程合同价款”应当理解为整个建设工程的合同价款，因为肢解发包是违反规定将整个工程分割成若干部分进行发包的行为，所以处罚的基准应当是整个工程的合同价款。
逻辑推断：从逻辑上讲，如果处罚仅基于被肢解的部分工程造价，那么这将无法有效遏制建设单位将整个工程肢解发包的行为。因为建设单位可能会认为，即使被处罚，也只是针对被肢解的部分，而不是整个工程，从而无法起到足够的震慑作用。因此，将“合同价款”理解为整个工程造价更为合理。
实际操作：在实际操作中，相关部门在查处肢解发包行为时，也是基于整个工程的合同价款来计算罚款金额的。这进一步印证了“合同价款”指的是整个工程造价的观点。
综上所述，肢解发包的处罚中提到的“合同价款”应当是指整个工程造价。如果您在这方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。