甲方肢解工程违法发包属于违法行为，需承担相应法律责任，具体处理方式需根据违法情节和损害后果分情况讨论：

1. 行政责任层面
   根据《建设工程质量管理条例》第五十五条及《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》第六条，甲方将工程肢解后分别发包给不同单位，将被责令改正，并处工程合同价款0.5%-1%的罚款。若涉及国家重点建设项目，处罚力度可能进一步加重。例如某地产公司因肢解发包被罚款合同价款0.8%，同时项目负责人被记入不良信用记录。

2. 民事责任层面
   肢解发包导致工程质量问题的，甲方需与承包单位承担连带赔偿责任。根据《民法典》第八百条，若因发包人原因造成人身损害或财产损失，发包人需先行赔偿后，可向有过错的承包人追偿。实践中常见案例包括：因分包单位资质不足导致施工事故，甲方需赔偿受害方后，再向分包单位追偿。

3. 合同效力层面
   肢解发包签订的合同可能被认定为无效。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条，违反法律强制性规定的合同无效。此时工程价款结算需参照市场价或鉴定结论，而非原合同约定。例如某商业综合体项目因肢解发包被认定合同无效，最终按定额标准结算工程款。

4. 信用惩戒层面
   违法发包行为将纳入企业信用档案，影响后续招投标资格。根据《建筑市场信用管理暂行办法》，严重违法发包行为将被列为失信联合惩戒对象，在政府采购、工程招投标等领域受限。某建设单位因连续三年存在肢解发包行为，被禁止参与省内公共资源交易活动。

建议处理步骤：

1. 立即停止违法发包行为，对已发包部分进行合规性审查
   
2. 收集完整合同、付款凭证等证据材料
   
3. 咨询专业律师评估行政处罚风险及民事赔偿范围
   
4. 主动向建设主管部门报告并配合调查，争取从轻处理
   
5. 完善内部发包管理制度，建立总承包单位负责制
   

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