当劳动仲裁因主体不适格被驳回后，若当事人选择向法院提起诉讼，处理方式需结合具体情形分析，以下是详细说明：

1. 确认主体不适格的具体情形
   首先需明确仲裁阶段认定的“主体不适格”具体指向。例如：

   • 劳动者主体问题：如劳动者已达到法定退休年龄、未签订劳动合同且无法证明劳动关系、主体资格消灭（如死亡）等；
     
   • 用人单位主体问题：如用人单位未依法登记注册、分支机构无独立用工权、承包经营关系中责任主体认定争议等。
     法院会重新审查主体资格，若确认不适格，可能直接驳回起诉；若认为仲裁认定有误，会继续审理实体争议。

2. 法院阶段的处理路径

   • 路径一：直接驳回起诉（若主体确实不适格）
     若法院经审查认为原告（劳动者或用人单位）确实不具备诉讼主体资格（如劳动者已死亡、用人单位未注册等），会依据《民事诉讼法》第122条、第154条裁定驳回起诉。此时需通过其他途径解决争议，例如：

     • 若劳动者死亡，其近亲属可依据《工伤保险条例》等规定主张权利；
       
     • 若用人单位未注册，实际经营者可能需承担责任。
       

   • 路径二：纠正仲裁认定，继续审理（若主体适格）
     若法院认为仲裁阶段对主体资格的认定有误（如误将合法分支机构认定为无资质主体），会纠正错误并继续审理劳动争议实体问题（如工资、赔偿金等）。此时需注意：

     • 法院可能要求当事人补充证据（如工商登记资料、用工关系证明等）；
       
     • 若涉及多重法律关系（如劳务派遣、关联企业混同用工），需明确责任主体。
       

3. 实务建议

   • 提前准备主体资格证据：起诉时需提交证明主体适格的材料（如身份证、营业执照、劳动合同、用工关系证明等）；
     
   • 明确诉讼请求及依据：若仲裁因主体问题未处理实体争议，法院阶段需清晰主张权利基础（如《劳动合同法》第38条、第46条等）；
     
   • 关注时效问题：劳动争议诉讼时效为1年（自仲裁裁决生效之日起计算），需及时起诉避免超期。
     

总结：劳动仲裁因主体不适格被驳回后，法院可能驳回起诉或纠正后继续审理，关键在于主体资格是否确实存疑。建议根据具体情形准备证据，明确诉讼策略，必要时可进一步向我咨询细节。