当劳动仲裁案件中已经受理，但发现被申请人主体不适格时，这是一个需要细致处理的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解“被申请人主体不适格”的含义
“被申请人主体不适格”指的是在劳动仲裁中，被指定的被申请人（通常是用人单位或相关责任方）并不符合作为仲裁当事人的资格。这可能是因为申请人与被申请人之间并不存在劳动关系，或者被申请人并不具备承担劳动争议责任的法律地位。
二、核实情况并收集证据
确认劳动关系：
- 您需要仔细审查与被申请人之间的所有相关文件，如劳动合同、工资支付记录、考勤记录、工作证等，以确认是否存在劳动关系。
- 如果没有书面合同，您可以通过同事证言、工作邮件、聊天记录等间接证据来证明事实劳动关系的存在。
核实用人单位信息：
- 确认用人单位是否仍然存续，以及其名称、地址等信息是否准确无误。
- 如果用人单位已经注销或被吊销营业执照，您需要查明其权利义务的承继主体，如母公司、清算组等。
三、采取针对性措施
若存在劳动关系但主体认定错误：
- 您可能需要重新确定被申请人，例如，如果实际用工单位是关联企业，您可以考虑将其追加为被申请人。
- 同时，确保您向正确的劳动争议仲裁委员会提出申请，即用人单位所在地或劳动合同履行地的仲裁委。
若确实不存在劳动关系：
- 您需要调整您的诉求类型。例如，如果是劳务关系纠纷，您可以直接向人民法院提起诉讼。
- 如果是个人承包经营引发的争议，您可以将发包组织或个人作为被告提起诉讼。
- 此外，如果用人单位存在欺诈、胁迫等行为，您还可以依据《民法典》主张侵权责任。
四、法律救济途径
对不予受理决定提出异议：
- 如果您认为仲裁委的不予受理决定是错误的，您可以在收到通知书之日起15日内向人民法院提起诉讼，请求撤销不予受理决定。
- 在提起诉讼时，您需要提交证明劳动关系存在的证据以及仲裁委不予受理的相关材料。
直接向法院起诉：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，如果仲裁委不予受理或逾期未作决定，您可以直接向人民法院提起诉讼。
- 在起诉时，请注意区分普通民事纠纷（适用民事诉讼程序）与劳动争议（需先经仲裁前置程序），以避免程序错误。
五、注意事项
时效要求：
- 劳动争议仲裁申请的时效为一年，从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，请务必及时行动，以避免超过诉讼时效。
法律援助：
- 如果您经济困难，可以向当地法律援助机构申请免费的律师服务，以帮助您更好地维护自己的权益。
保留沟通记录：
- 请务必保存与用人单位协商、向仲裁委提交材料的所有凭证，这些记录将在后续的诉讼中为您提供有力的支持。
综上所述，当劳动仲裁案件中已经受理但发现被申请人主体不适格时，您需要仔细核实情况、收集证据，并采取针对性的措施来维护自己的权益。同时，请注意时效要求和法律援助的申请，以确保您的权益得到充分保障。