在合同中约定甲方所在地劳动人事争议仲裁委员会管辖，其有效性需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法定管辖规则与特殊性质
根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议原则上由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。这一规定体现了劳动争议案件的特殊性，旨在保护劳动者权益，确保争议在与劳动法律关系紧密相关的地点得到妥善处理。因此，若合同中的约定与这一法定管辖规则不冲突，即甲方所在地同时是劳动合同履行地或用人单位所在地，那么该约定通常是有效的。
二、仲裁协议的有效性要件
有效的仲裁协议需满足以下条件：双方自愿达成、具有请求仲裁的意思表示、明确仲裁事项、选定具体的仲裁委员会。在合同中约定甲方所在地劳动人事争议仲裁委员会管辖，若该约定是双方自愿达成的，且明确指出了具体的仲裁委员会，同时仲裁事项也符合法律规定，那么该约定在形式上通常是有效的。
三、综合判断与特殊情况
符合法律规定且不损害劳动者权益：若合同中的约定完全符合《仲裁法》及其司法解释的要求，且未违反《劳动争议调解仲裁法》的强制性规定，同时也没有损害劳动者的合法权益，那么该约定通常会被认定为有效。
超出法定范围或损害劳动者权益：若约定的管辖地不在法律规定的劳动合同履行地或用人单位所在地范围内，或者该约定导致劳动者在申请仲裁时面临极大困难，如距离遥远、交通不便等，那么该约定可能会被视为无效。因为这样的约定可能违反了法律对专属管辖的规定，或者损害了劳动者的合法权益。
违反公平原则：如果约定管辖地存在明显的不公平、不合理情况，如偏向用人单位利益、忽视劳动者权益等，该约定也可能被判定为无效。因为仲裁协议的签订应当遵循公平原则，确保双方当事人的权益得到平等保护。
四、实践考量与操作建议
在实际操作中，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素来判断约定管辖的效力，包括但不限于劳动者的实际情况、用人单位的行为是否存在恶意以及约定本身的合理性和公平性。因此，在签订劳动合同时，双方应谨慎对待管辖地的约定。建议明确约定管辖地，并确保其符合法律规定的范围；同时考虑劳动者的实际情况和维权便利性，避免设定过于苛刻或不公平的条款。
举例说明：假设一份劳动合同中约定，若发生劳动争议，由甲方（用人单位）所在地的劳动人事争议仲裁委员会管辖。若甲方所在地同时也是劳动合同履行地或用人单位注册地，且该约定是双方自愿达成的，没有损害劳动者的合法权益，也没有违反公平原则，那么该约定通常是有效的。反之，若甲方所在地与劳动合同履行地或用人单位注册地无关，且该约定导致劳动者在申请仲裁时面临极大困难，那么该约定可能会被视为无效。
综上所述，合同中约定甲方所在地劳动人事争议仲裁委员会管辖的有效性并非绝对，而是需要根据具体情况进行综合判断。若您对此有进一步疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。