针对您提出的“在学校代课三年学校给补交三年的社保是否合法”这一问题，我们可以从相关法律法规和实际操作层面进行详细解答。

首先，根据《中华人民共和国社会保险法》的明确规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并依法缴纳社会保险费。这一规定适用于所有用人单位，包括民办学校。因此，从法律层面来说，学校作为用人单位，有义务为代课教师缴纳社保，且这一义务是持续存在的，与代课教师的代课时长无关。

接下来，我们分析您提到的具体情况：代课三年，学校给补交三年的社保。这一做法在法律上是合法且符合规定的。因为学校在代课教师工作期间，作为用人单位，应当为其缴纳社保。如果学校在代课教师工作期间未缴纳，那么在后续进行补缴，也是符合法律精神的，旨在保障代课教师的合法权益。

此外，我们还注意到，在实际操作中，部分民办学校可能因教师年龄结构差异较大、教师流动性大等原因，未开通统筹公户，而是采取每月给教师发放统筹金，由教师以灵活就业人员的形式缴纳个人社保统筹。然而，这种做法并不符合法律规定，因为用人单位应当直接为职工缴纳社保，而不是通过发放统筹金的方式让职工自行缴纳。教育行政部门也在积极督促各民办学校依法为教师缴纳社会保险，规范用人行为。

最后，我们想提醒您的是，如果发现学校存在未依法缴纳社保的情况，您可以向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。同时，教育行政部门也将全力支持教师的合理诉求，确保教师的权益得到有效保障。

综上所述，学校给代课三年教师补交三年的社保是合法的，且符合相关法律法规的规定。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。