结论：上游企业开具免税发票，下游企业开具增值税专用发票是否合法，需分情况讨论，关键在于交易链条的合规性及税法规定的适用条件是否满足。具体分析如下：

1. 上游免税的合法性基础
   根据《增值税暂行条例》第十五条，法定免税项目（如农业生产者销售自产农产品、古旧图书等）无需缴纳增值税，上游企业可依法开具免税发票。若上游企业属于法定免税情形，其开具免税发票的行为完全合法。
   例外情形：若上游企业通过虚构业务、伪造资质等手段骗取免税资格，则属于偷逃税行为，其开具的免税发票无效，下游企业若据此抵扣进项税可能面临税务风险。

2. 下游开专票的合法性条件
   下游企业开具专票需满足两个核心条件：

   • 交易真实性：下游企业与上游企业的交易必须真实发生，且符合商业逻辑（如合同、资金流、物流“三流一致”）。
     
   • 进项抵扣合法性：若下游企业为一般纳税人，其从上游取得的免税发票若属于可抵扣范围（如购进农产品用于生产销售13%税率的货物），可按法定扣除率计算进项税额并开具专票；若免税发票属于不可抵扣范围（如购进用于集体福利的货物），则下游企业不得抵扣进项税，此时开具专票可能涉嫌虚开。

3. 典型风险场景

   • 虚开发票链条：若上下游企业无实际交易，仅通过“免税-专票”模式虚构成本、套取税款，双方均构成虚开发票罪（《刑法》第二百零五条），最高可处无期徒刑。
     
   • 进项转出风险：若下游企业错误抵扣不可抵扣的免税发票进项，税务机关可要求其作进项转出并补缴税款，同时加收滞纳金（《税收征收管理法》第三十二条）。

实务建议：

• 对上游企业：确保免税资格合法，完整保存免税证明文件（如农产品收购发票、免税备案表等），避免被认定为“变相偷税”。
  
• 对下游企业：严格审核上游免税发票的合规性，区分可抵扣与不可抵扣项目，建议通过税务系统核验发票真伪，并留存交易全链条证据（如合同、付款记录、物流单据等）。
  

若您涉及具体交易场景，可进一步提供细节（如行业、交易内容等），我将为您分析税务合规要点。