真实交易中让上游给下游开发票是否违法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若交易真实且符合发票开具规范，则不违法
   在真实交易背景下，若上游企业（销售方）直接向下游企业（购买方）开具发票，且发票内容与实际交易一致（如商品名称、数量、金额等），同时符合《中华人民共和国发票管理办法》中“如实开具发票”的要求，则属于合法行为。这是税收征管中倡导的“三流一致”（资金流、货物流、发票流）原则的体现，也是税务机关认可的常规操作。

2. 若存在以下情形，则可能涉嫌违法

   • 虚开发票行为：若上游与下游无实际交易，仅以“走账”“过票”为目的开具发票，或开具与实际交易不符的发票（如虚构交易内容、金额），则构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开发票罪”，需承担刑事责任。
     
   • 代开发票行为：若上游企业未经税务机关委托，擅自为下游企业代开发票（即使交易真实），也属于违法行为。根据《发票管理办法》，发票应由销售方或提供服务方自行开具，代开需严格遵循税务机关的授权程序。
     
   • 三流不一致且无合理理由：若资金流、货物流与发票流不一致（如下游企业支付货款给第三方，但发票由上游开具），且无法提供合理解释（如集团内部调拨、委托付款等），可能被税务机关认定为“虚开发票”或“偷逃税款”，面临行政处罚或刑事追责。

实务建议：

• 企业应确保交易真实、发票内容与实际一致，避免人为调整“三流”关系；
  
• 若需委托付款或代开发票，应提前与税务机关沟通并留存书面协议等证据；
  
• 定期自查发票合规性，降低税务风险。
  

如有具体交易场景或案例，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析法律风险。