针对您提出的“女职工经期违反公司规章制度怎么处理”的问题，这实际上涉及两个层面的考量：一是女职工在经期的特殊保护规定，二是公司规章制度的执行与处理。
首先，我们需要明确的是，根据《女职工劳动保护特别规定》以及其他相关法律法规，女职工在经期享有特殊的劳动保护。具体来说，女职工在经期禁忌从事的劳动范围包括冷水作业、低温作业、第三级和第四级体力劳动强度的作业，以及高处作业等。这是为了保护女职工在生理期间的健康和安全。
接下来，关于公司规章制度的执行与处理，如果女职工在经期确实违反了公司的某些规章制度（这些规章制度本身不违反法律法规对女职工的特殊保护规定），公司应当采取以下步骤进行处理：
核实情况：公司应首先核实女职工违反规章制度的具体情况，包括时间、地点、行为等，确保处理的准确性和公正性。
考虑特殊情况：在处理时，公司应充分考虑女职工在经期的特殊情况，如身体不适、情绪波动等，这些因素可能影响女职工的行为和判断。
教育与引导：对于违反规章制度的女职工，公司应首先进行教育和引导，帮助其认识到自己的错误，并鼓励其改正。这有助于维护公司的纪律和秩序，同时保护女职工的权益。
合理处罚：如果女职工的行为确实严重违反了公司的规章制度，且经过教育和引导后仍不改正，公司可以根据规章制度的规定进行合理的处罚。但处罚应当公正、合理，且不得违反法律法规对女职工的特殊保护规定。例如，不得因女职工在经期而给予更重的处罚。
提供支持：在处理过程中，公司还应为女职工提供必要的支持和帮助，如提供适当的休息时间、调整工作任务等，以减轻其在经期的负担和压力。
重要提醒：如果公司规章制度中存在与法律法规相抵触的内容，特别是关于女职工特殊保护的规定，那么这些内容是无效的。公司应当及时修改和完善规章制度，确保其符合法律法规的要求。
综上所述，处理女职工在经期违反公司规章制度的问题时，公司应综合考虑法律法规对女职工的特殊保护规定、规章制度的执行与处理原则以及女职工的实际情况，采取公正、合理、人性化的处理方式。