结论：公司让员工打两个卡是否违法，需根据具体情况判断，主要看是否存在“虚假考勤”或“规避法律”的目的及行为。以下从不同角度详细分析：

1. 若公司要求打两个卡是为了虚假考勤（如虚构出勤记录）

• 法律性质：此行为涉嫌违反《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，可能构成“未如实记录考勤”或“克扣工资”的违法行为。
• 具体分析：
  • 根据《劳动合同法》第8条，用人单位应如实告知劳动者工作内容、工作条件等，考勤记录属于工作条件的一部分，需真实反映劳动者出勤情况。
  • 若公司通过打两个卡虚构出勤（如实际未出勤但记录为出勤，或实际出勤但记录为缺勤以克扣工资），属于未如实记录考勤，劳动者有权要求公司改正，并可能主张赔偿。
  • 例如：公司要求员工在A系统打“上班卡”，在B系统打“下班卡”，但实际未提供劳动条件（如未安排工作、未支付工资），却记录为全勤，此行为违法。

2. 若公司要求打两个卡是为了合规管理（如分部门/项目考勤）

• 法律性质：此行为通常不违法，但需满足以下条件：
  • 公司需提前告知劳动者打两个卡的目的及规则；
  • 考勤记录需真实反映劳动者出勤情况；
  • 不得以打两个卡为由克扣工资或变相增加劳动者负担。
• 具体分析：
  • 例如：公司因业务需要，要求员工在总部系统打“行政考勤卡”，在项目部系统打“项目考勤卡”，且两套考勤记录均真实反映员工出勤情况，此行为合法。
  • 但若公司以“项目考勤未打卡”为由扣发工资，而员工实际已通过“行政考勤”证明出勤，则属于违法克扣工资，劳动者可主张补发工资及赔偿。

3. 若公司要求打两个卡是为了规避法律（如逃避加班费支付）

• 法律性质：此行为涉嫌违反《劳动法》及《劳动合同法》，可能构成“未支付加班费”或“强迫劳动”的违法行为。
• 具体分析：
  • 根据《劳动法》第44条，用人单位安排劳动者加班的，需支付加班费。若公司通过打两个卡掩盖加班事实（如实际加班但未记录为加班），属于未支付加班费，劳动者有权要求公司支付加班费及赔偿。
  • 例如：公司要求员工在正常工作时间打“上班卡”，在加班时间打“培训卡”，以规避加班费支付，此行为违法。

法律建议

1. 劳动者：

   • 保留考勤记录（如打卡截图、考勤表等）作为证据；
   • 若发现公司要求打两个卡存在违法行为（如虚假考勤、克扣工资、逃避加班费等），可向公司提出异议，并要求改正；
   • 若公司拒绝改正，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张合法权益。

2. 公司：

   • 若需实施多套考勤系统，应提前告知劳动者并说明规则；
   • 确保考勤记录真实、完整，不得以考勤为由克扣工资或变相增加劳动者负担；
   • 遵守《劳动法》《劳动合同法》等法律法规，避免因考勤管理不当引发劳动纠纷。

总结：公司让员工打两个卡是否违法，需结合具体目的及行为判断。若存在虚假考勤、克扣工资或逃避加班费等违法行为，劳动者有权主张权益；若为合规管理且满足一定条件，则通常不违法。如有疑问，可直接向我咨询。