结论：公司一个月发两次打卡是否合法，不能一概而论，需结合具体打卡目的、公司规章制度及法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、打卡作为考勤管理手段的合法性
合法情形：
- 规章制度合法：若公司规章制度明确规定了打卡制度，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向劳动者公示或告知，则打卡制度本身合法。
- 打卡目的合理：打卡作为考勤管理手段，旨在记录员工出勤情况，确保工作秩序，若打卡目的合理，且未侵犯员工合法权益（如隐私权），则合法。
- 打卡频率合理：一个月发两次打卡，若打卡频率与实际工作需要相符，且未给员工造成不必要的负担，则合法。例如，某些公司可能因业务特点，采用月度考勤汇总打卡的方式。
不合法情形：
- 规章制度违法：若公司规章制度未经过民主程序制定，或未向劳动者公示、告知，则打卡制度可能因程序违法而无效。
- 打卡目的不合理：若打卡目的并非为了考勤管理，而是为了监控员工私人活动或侵犯员工隐私权，则打卡行为可能违法。
- 打卡频率过高或过低：若打卡频率过高，给员工造成不必要的负担；或打卡频率过低，无法有效记录员工出勤情况，均可能影响打卡制度的合法性。
二、打卡与工资发放的关系
- 打卡与工资无直接关联：打卡本身并不直接决定工资的发放。工资发放应依据劳动合同、公司规章制度及国家法律法规的规定进行。若公司因员工未打卡而扣减工资，需确保扣减行为有合法依据（如规章制度中明确规定了未打卡的扣减工资条款，且该条款合法有效）。
- 非法扣减工资的风险：若公司无正当理由扣减员工工资，可能构成违法行为。员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资及可能的赔偿金。
三、法律建议
对公司：
- 制定合法合理的打卡制度，确保制度经过民主程序制定，并向劳动者公示、告知。
- 打卡目的应合理，不得侵犯员工合法权益。
- 打卡频率应与实际工作需要相符，避免给员工造成不必要的负担。
- 扣减工资需有合法依据，避免非法扣减。
对员工：
- 了解公司打卡制度，确保自己的行为符合制度要求。
- 若认为打卡制度违法或不合理，可与公司协商或向劳动监察部门投诉。
- 若公司因未打卡而扣减工资，且扣减行为无合法依据，可申请劳动仲裁要求支付被扣减的工资及赔偿金。
进一步思考：在实际操作中，打卡制度的合法性不仅取决于制度本身，还取决于其实施过程。公司应确保打卡数据的真实性和准确性，避免因打卡数据错误而引发纠纷。同时，员工也应积极维护自己的合法权益，对不合理的打卡制度或扣减工资行为说“不”。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。