关于用人单位采用两种打卡方式是否合法的问题，这主要取决于用人单位所采取的打卡方式是否符合相关法律法规，以及是否侵犯了劳动者的合法权益。
首先，我们要明确的是，用人单位有权根据自身的运营需要和管理需求，制定合理的考勤制度，包括打卡方式。这些制度应当旨在确保劳动者的出勤情况得到真实、准确的记录，从而维护企业的正常运营秩序。
现在，针对您提到的“两种打卡方式”，我们可以从两个角度来分析：
打卡方式的合理性：
- 如果用人单位采用的两种打卡方式都是基于合法、合规的原则，且没有侵犯劳动者的隐私权、人格尊严等合法权益，那么这两种打卡方式就是合法的。例如，一种是指纹打卡，另一种是手机定位打卡（在合理且必要的情况下，并事先告知劳动者）。这两种方式都是常见的考勤手段，只要使用得当，就不会引发法律问题。
打卡方式的执行与规章制度：
- 用人单位在采用打卡方式时，必须确保这些方式与其依法制定的规章制度相一致。规章制度应当经过民主程序制定，并公示或告知劳动者。如果打卡方式违反了规章制度，或者规章制度本身存在违法内容，那么这种打卡方式就可能被视为非法。例如，如果规章制度中明确禁止某种打卡方式，但用人单位却强行实施，这就构成了违法行为。
结合您提供的参考信息，我们可以看到：
- 在第一个案例中，张一因利用职务之便违规代打卡，违反了公司的规章制度，因此公司有权解除与其的劳动合同。这说明了打卡方式（如指纹打卡）本身并不违法，但违规使用则可能引发法律问题。
- 在第二个案例中，公司要求杨某进行手机定位打卡，虽然这种方式在一定程度上涉及个人隐私，但在合理且必要的情况下（如外派出差），并事先告知劳动者，这种打卡方式是可以被接受的。法院也支持了公司根据未打卡记录认定旷工并解除劳动关系的做法。
综上所述，用人单位采用两种打卡方式本身并不违法，关键在于这些方式是否合法、合规，且没有侵犯劳动者的合法权益。同时，用人单位必须确保打卡方式与其规章制度相一致，并事先告知劳动者。如果用人单位能够做到这些，那么采用两种打卡方式就是合法的。