结论前置：公司用工超过两年未签劳动合同，劳动者一般无法再主张全部时段的双倍工资差额，但在特定条件下（如仲裁时效中断或中止），仍有可能主张部分时段的双倍工资。同时，劳动者可依法主张其他权利，如补签无固定期限劳动合同、补缴社会保险费等。
一、双倍工资差额的法律规定与仲裁时效
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
- 用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 在未签劳动合同的情况下，双倍工资的仲裁时效从用人单位不签订书面劳动合同的违法行为结束之次日起开始计算，即从用工满一年的次日起算。
二、用工超过两年未签劳动合同的双倍工资差额主张
一般情况：
- 由于双倍工资的支付期限最多为11个月（从入职第二个月至第十二个月），且仲裁时效为一年，因此，在用工超过两年的情况下，劳动者主张全部时段的双倍工资差额很可能因超过仲裁时效而得不到支持。
特殊情况：
- 仲裁时效中断：如果劳动者在仲裁时效期间内向用人单位主张过权利（如书面要求签订劳动合同、通过电子邮件等方式主张双倍工资），或者用人单位同意履行支付双倍工资的义务，那么仲裁时效会从中断时起重新计算。
- 仲裁时效中止：因不可抗力或者有其他正当理由导致劳动者不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 在上述特殊情况下，劳动者仍有可能在一定时限内主张部分时段的双倍工资差额。
三、不能主张双倍工资差额时的其他权利
补签无固定期限劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。因此，劳动者有权要求用人单位补签无固定期限劳动合同。
补缴社会保险费：
- 劳动者有权要求用人单位补缴社会保险费，以保障自己的社会保障权益。
支付加班费或经济补偿金：
- 如果劳动者存在加班情况或者用人单位存在其他违法行为（如违法解除劳动合同等），劳动者还有权要求用人单位支付加班费或经济补偿金。
四、操作建议与风险提示
保留证据：
- 劳动者应保留好相关证据，如工作证、考勤记录、工资条等，以证明自己的劳动关系和工作时间。这些证据在主张权利时至关重要。
及时主张权利：
- 劳动者应在知道或应当知道自己权利受到侵害之日起一年内提出仲裁申请，以避免因超过仲裁时效而丧失胜诉权。
了解法律程序：
- 劳动者应了解劳动争议的处理程序，包括仲裁、诉讼等，以便在必要时采取正确的法律行动。
风险提示：
- 在主张权利的过程中，劳动者可能会面临用人单位的拒绝或抵触。此时，劳动者应保持冷静，通过合法途径维护自己的权益，避免采取过激行为导致不必要的法律后果。
举例说明：假设劳动者于2020年1月1日入职某公司，但公司一直未与其签订劳动合同。至2022年1月1日时，劳动者已在该单位工作满两年。此时，劳动者若想主张双倍工资差额，需考虑仲裁时效的问题。由于双倍工资的支付期限最长为11个月（即2020年2月1日至2020年12月31日），且仲裁时效为一年（从2021年1月1日起算），因此，至2022年1月1日时，劳动者主张全部时段的双倍工资差额很可能已超过仲裁时效。但是，如果劳动者在2021年内曾向公司主张过双倍工资或公司同意支付，则仲裁时效可能中断并重新计算。此外，劳动者仍有权要求公司补签无固定期限劳动合同、补缴社会保险费等。
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