结论：合同中约定的逾期付款利息日万分之四，在符合一定条件下，是可以适用《保障中小企业款项支付条例》（以下简称《条例》）的，但具体能否适用还需结合合同双方主体身份、合同性质及具体条款等因素综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、从《条例》的适用范围来看

1. 主体身份：

   • 《条例》主要适用于机关、事业单位和大型企业采购货物、工程、服务支付中小企业款项的情形。因此，若合同中的付款方为机关、事业单位或大型企业，收款方为中小企业，则该合同可能受《条例》调整。
   • 若合同双方均为中小企业或大型企业之间，则《条例》不直接适用。

2. 合同性质：

   • 《条例》适用于采购货物、工程、服务的合同。若合同属于此类性质，且符合主体身份要求，则可能适用《条例》。
   • 若合同为其他类型，如借款合同、租赁合同等，则不直接适用《条例》。

二、从逾期付款利息的约定来看

1. 约定合法性：

   • 合同中约定的逾期付款利息日万分之四，若未超过法律规定的上限（如民间借贷中，法律保护的利率上限通常为一年期贷款市场报价利率的四倍），则该约定是合法的。
   • 在合法范围内，双方约定的逾期付款利息是有效的，且可能受到《条例》中关于逾期利息规定的支持或调整。

2. 与《条例》的衔接：

   • 《条例》规定，机关、事业单位和大型企业迟延支付中小企业款项的，应当支付逾期利息。若合同中已约定逾期付款利息，且该利息不低于《条例》规定的标准（如未约定时，按照每日万分之五支付逾期利息），则合同约定优先适用。
   • 若合同约定的逾期付款利息低于《条例》规定的标准，中小企业有权要求按照《条例》规定的标准支付逾期利息。

三、实际操作建议

1. 审查合同主体：

   • 确认合同中的付款方和收款方是否符合《条例》规定的主体身份。

2. 核对合同性质：

   • 确认合同是否属于采购货物、工程、服务的合同类型。

3. 评估利息约定：

   • 评估合同中约定的逾期付款利息是否合法，并考虑是否与《条例》的规定相衔接。

4. 协商与诉讼：

   • 若发生逾期付款情况，双方可首先协商解决；协商不成的，中小企业可依据《条例》及相关法律规定，通过诉讼或仲裁等方式维护自身权益。

示例：假设某大型企业与一家中小企业签订了一份货物采购合同，合同中约定逾期付款利息为日万分之四。若大型企业迟延支付货款，中小企业有权要求大型企业按照合同约定支付逾期付款利息。同时，若该利息低于《条例》规定的标准（如每日万分之五），中小企业还有权要求按照《条例》规定的标准补足差额。

进一步思考：在实际操作中，合同双方应充分了解并遵守《条例》及相关法律规定，合理约定逾期付款利息等条款，以避免潜在的法律风险。若遇到复杂情况或争议，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询。