甲方建设单位突破合同约定指派第三方施工，并要求承包方付款的行为，主要违反了以下法律法规条款：
《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的规定：
- 根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。甲方建设单位与承包方签订的合同中，若明确约定了施工方及付款责任，甲方擅自变更施工方并要求承包方承担付款责任，显然违反了合同全面履行的原则。
- 同时，《民法典》第五百七十七条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。甲方此举构成违约，应承担相应的违约责任。
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定（如涉及招投标项目）：
- 若该建设工程项目属于依法必须进行招标的项目，根据《招标投标法》第四十八条，中标人应当按照合同约定履行义务，完成中标项目。中标人不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。甲方擅自指派第三方施工，可能构成对招投标秩序的破坏，违反了该法的规定。
- 此外，若甲方与第三方存在串通投标等违法行为，还将面临更严厉的法律制裁。
《中华人民共和国建筑法》中关于建筑活动主体资格的规定：
- 根据《建筑法》第二十六条，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。甲方擅自指派无相应资质的第三方施工，不仅违反了合同约定，也可能违反了建筑法关于施工主体资格的规定，导致工程质量、安全等方面的风险。
法律后果与建议：
- 法律后果：甲方建设单位的行为可能面临合同违约责任、行政处罚（如罚款、责令改正等）以及因工程质量问题引发的民事赔偿责任。若涉及招投标违法行为，还可能面临更严重的法律后果，如被列入不良行为记录名单、限制参与招投标活动等。
- 建议：
- 承包方：应首先审查合同条款，明确双方的权利义务。若甲方行为构成违约，承包方有权要求甲方继续履行合同、采取补救措施或赔偿损失。同时，承包方应保留好相关证据，如合同、沟通记录、付款凭证等，以便在必要时通过法律途径维护自身权益。
- 甲方建设单位：应严格遵守合同约定和法律法规规定，不得擅自变更施工方或要求承包方承担非合同约定的付款责任。若确需变更施工方或调整付款方式，应与承包方协商一致并签订书面变更协议。
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