甲方代施工单位付款在符合一定条件下是合法的，其依据主要来源于合同约定、法律规定以及行业惯例。以下从不同角度进行详细分析：
合同约定角度：
- 在建设工程合同中，如果甲方（建设单位）与施工单位（承包商）之间有明确的约定，允许甲方代施工单位支付某些费用（如材料款、设备租赁费等），并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种代付行为就是合法的。
- 例如，合同中可能约定：“甲方有权根据工程进度和需要，直接代施工单位支付部分材料款，施工单位应予以认可并配合办理相关手续。”这样的条款就为甲方代付款提供了明确的合同依据。
法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以约定由第三人履行债务。在建设工程合同中，如果甲方与施工单位约定由甲方代为支付某些费用，这实际上是一种由第三人（甲方）履行债务的情况，只要这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。
- 此外，如果施工单位因故无法自行支付某些费用，且甲方出于工程进度、质量等考虑愿意代为支付，这种代付行为在法律上也是被允许的，但通常需要施工单位出具相关的授权委托书或同意书。
行业惯例角度：
- 在建设工程领域，由于工程涉及的资金量大、周期长，且涉及多个参与方（如建设单位、施工单位、材料供应商等），因此存在一定的行业惯例和操作方式。在某些情况下，甲方代施工单位付款可能被视为一种常见的操作方式，只要各方对此有明确的认知和同意，且不违反法律法规的规定，就可以被视为合法。
法律建议：
- 对于甲方而言，在代施工单位付款前，应确保与施工单位有明确的约定，并保留好相关的书面证据（如合同条款、授权委托书等），以避免后续产生纠纷。
- 对于施工单位而言，如果甲方提出代付款的要求，应仔细审查相关条款和约定，确保自己的权益不受损害。同时，也应积极配合甲方办理相关手续，确保工程顺利进行。
- 如果双方对代付款行为存在争议或无法达成一致意见，建议及时咨询专业律师或相关机构进行调解或仲裁，以维护双方的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果甲方代施工单位付款的行为违反了合同约定或法律法规的规定，可能会面临被施工单位追偿、承担违约责任或受到行政处罚等法律后果。
- 如果施工单位对甲方的代付款行为提出异议或拒绝认可，可能会导致工程进度受阻、产生纠纷或影响双方的合作关系等后果。
综上所述，甲方代施工单位付款在符合一定条件下是合法的，但双方应谨慎操作并保留好相关证据以避免后续纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。