结论：关于您昨天辞职被扣两千元，今天又想回去工作，工资是否会退还的问题，这主要取决于您与用人单位之间的具体约定以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：

1. 若用人单位扣款行为合法合规：

   • 情况说明：如果用人单位扣款是基于您违反了公司规章制度、劳动合同中的约定，或者是根据相关法律法规（如《工资支付暂行规定》中关于因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失）进行的合法扣款，那么即使您今天想回去工作，这笔扣款也不太可能被退还。
   • 法律建议：在这种情况下，您可以与用人单位沟通，了解扣款的具体原因和依据，如果认为扣款不合理或存在争议，可以寻求劳动仲裁或法律途径解决。

2. 若用人单位扣款行为违法或存在争议：

   • 情况说明：如果用人单位扣款没有合法依据，或者扣款金额超过了法定标准（如根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），那么您有权要求用人单位退还多扣的款项。
   • 法律建议：
     • 与用人单位协商：首先，您可以尝试与用人单位进行协商，说明扣款的不合理性，并要求退还。
     • 申请劳动仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位退还多扣的工资。
     • 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 关于您想回去工作的情况：

   • 情况说明：您想回去工作与工资是否退还并不直接相关。用人单位是否同意您回去工作，取决于其自身的用工需求和对您之前辞职行为的看法。
   • 法律建议：如果您想回去工作，建议与用人单位进行坦诚沟通，了解其态度和要求，并尽量达成一致意见。同时，您也可以考虑在回去工作前，与用人单位就工资、福利等事项进行明确约定，以避免未来再次发生纠纷。

额外提醒：在处理此类劳动纠纷时，建议您保留好相关证据，如劳动合同、工资条、扣款通知等，以便在需要时提供证明。如果您对具体法律条款或程序存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。