核心结论：健康证被店里撕毁，你可以通过以下方式处理：
与店里协商补办或赔偿
首先，你可以直接与店里负责人沟通，说明健康证的重要性（如它是从事餐饮、食品等行业的法定资质证明），要求对方协助补办或承担补办费用。如果店里拒绝配合，可进一步明确告知其行为可能涉及侵权（如侵犯你的财产权或就业权益），要求其承担相应责任。
向劳动监察部门投诉
如果协商无果，且你与店里存在劳动关系（如签订劳动合同或形成事实劳动关系），可向当地劳动监察大队投诉。根据《劳动保障监察条例》，用人单位不得扣押劳动者证件（包括健康证），否则可能面临警告、罚款等处罚。投诉时需提供劳动关系证明（如工资条、工作证等）及健康证被撕毁的证据（如证人证言、监控录像等）。
报警处理（若涉及故意损毁财物）
如果店里撕毁健康证的行为明显具有恶意（如因纠纷故意损毁），且健康证本身具有一定价值（如补办需支付费用），可向公安机关报案。根据《治安管理处罚法》，故意损毁公私财物的，可处拘留或罚款。报警时需提供健康证原物（若保留部分碎片）、撕毁现场照片或视频等证据。
补办健康证并保留证据
无论采取哪种方式，建议尽快到原发证机构（如疾控中心或医院）补办健康证，避免影响后续工作。补办时保留缴费凭证、办理记录等，作为后续维权证据。若店里曾以健康证为由威胁你（如“不交证就不发工资”），需同步收集此类证据，以备后续主张权利。
关键提醒：健康证是你的个人证件，店里无权扣押或损毁。若店里以“离职需交回健康证”为由拒绝配合，需注意：若健康证是店里出资办理且约定离职需归还，可协商折价补偿后补办；若无此类约定，店里无权要求交回。如有疑问，可直接向我咨询具体细节。