员工上下班途中发生意外，48小时后死亡，在一般情况下不被直接认定为工伤事故。以下是对此问题的详细分析：

1. 工伤认定的基本原则：

   • 根据《工伤保险条例》，工伤认定通常要求伤害与工作存在直接关联性，且多发生在工作时间和工作场所内。
   • 上下班途中发生的意外，若要符合工伤认定，需满足特定条件，如受到非本人主要责任的交通事故伤害等。

2. 48小时后死亡的影响：

   • 对于突发疾病死亡或48小时内经抢救无效死亡的情况，《工伤保险条例》有视同工伤的规定，但这一规定要求疾病发生在工作时间和工作岗位上。
   • 上下班途中突发疾病并在48小时后死亡，由于已脱离工作状态，通常不被视为工伤。

3. 特殊情况及认定：

   • 若员工能证明突发疾病是因长期从事特定工作导致，且该疾病在上下班途中突发并导致48小时后死亡，虽然这种情况较为罕见，但理论上存在被认定为工伤的可能性，需具体案件具体分析。
   • 若上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，并因此导致后续死亡（即使超过48小时），仍有可能被认定为工伤，但需满足交通事故工伤认定的其他条件。

4. 申请工伤认定的流程：

   • 若员工或其近亲属认为其死亡情况符合工伤认定条件，应及时向用人单位提出工伤认定申请。
   • 用人单位应在规定时间内向社会保险行政部门提出工伤认定申请，或员工或其近亲属可直接向社会保险行政部门提出申请。

综上所述，员工上下班途中发生意外，48小时后死亡，在一般情况下不被直接认定为工伤事故。但具体案件需根据员工的死亡原因、时间、地点及与工作关系的紧密程度等因素综合判断。若您或您的近亲属遇到此类情况，建议及时向我咨询，以便获得更准确的法律指导和帮助。