结论：法院是否支持原告将公司备用金和股份转让款合并计算作转让款进行诉讼，需根据具体证据和法律关系来判断，无法直接给出支持或不支持的绝对结论。不过，我可以从几个关键角度为您分析这一问题。

1. 法律关系的独立性

• 股份转让款：这通常基于双方签订的股份转让协议，是明确且独立的法律关系。股份转让款的支付、金额、支付方式等均应在协议中明确约定。
• 公司备用金：公司备用金一般用于公司日常运营或特定项目的支出，其性质与股份转让款截然不同。备用金的使用、管理、报销等通常遵循公司内部的财务管理制度。

分析：若原告试图将两者合并计算，需证明这两者之间存在法律上的关联性，即备用金实际上构成了股份转让款的一部分或与之有直接关系。这在实践中往往难以证明，因为两者在法律性质和用途上通常具有独立性。

2. 证据的充分性

• 合同证据：股份转让协议是证明股份转让款金额和支付方式的关键证据。若协议中未提及备用金，则原告很难将备用金纳入转让款范畴。
• 财务记录：公司备用金的支出通常会有详细的财务记录，包括支出目的、金额、审批流程等。这些记录可以作为证明备用金性质的证据。

分析：原告若要将两者合并计算，必须提供充分的证据证明备用金实际上属于股份转让款的一部分。这通常要求原告能够展示出两者之间的直接联系，如协议中的特别约定、备用金的实际用途与股份转让直接相关等。

3. 被告的抗辩权

• 否认关联性：被告可以主张股份转让款和公司备用金是两个独立的法律关系，不存在合并计算的基础。
• 提供反证：被告可以提供股份转让协议、公司财务管理制度、备用金支出记录等证据，证明两者之间的独立性。

分析：若被告能够提供充分的证据证明股份转让款和公司备用金是独立的，且原告无法证明两者之间的关联性，则法院很可能不支持原告的合并计算请求。

4. 可能的法律后果

• 诉讼风险：若原告无法提供充分证据证明备用金属于股份转让款的一部分，其诉讼请求可能被法院驳回，并需承担诉讼费用。
• 信誉影响：不合理的诉讼请求可能对原告的商业信誉产生负面影响，尤其是在商业合作中。

建议：

1. 审查合同和财务记录：原告应仔细审查股份转让协议和公司备用金的支出记录，评估两者之间是否存在法律上的关联性。
2. 咨询专业律师：在提起诉讼前，原告应咨询专业律师，评估诉讼风险和胜诉可能性，制定合理的诉讼策略。
3. 准备充分证据：若决定提起诉讼，原告应准备充分的证据证明备用金属于股份转让款的一部分，包括协议中的特别约定、备用金的实际用途等。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。