在劳动仲裁中，若将两家公司作为被申请人确认劳动关系却不予受理，通常可能基于以下几个理由：

1. 主体不适格：

   • 解释：劳动仲裁的被申请人应当是与劳动者存在直接劳动关系的用人单位。如果两家公司并非都与劳动者存在劳动关系，或者其中一家公司并非劳动关系的实际主体（例如，只是关联公司或母公司，但并非实际用工单位），则可能因主体不适格而不予受理。
   • 例子：劳动者实际在A公司工作，但误将A公司的母公司B公司也列为被申请人。若B公司并非实际用工单位，则B公司作为被申请人可能因主体不适格而被不予受理。

2. 仲裁请求不明确或不属于仲裁范围：

   • 解释：劳动仲裁请求应当明确、具体，且属于劳动仲裁的受理范围。如果劳动者在申请仲裁时，未能清晰表述其仲裁请求，或者请求的事项不属于劳动仲裁的受理范围（如涉及股权纠纷、知识产权纠纷等），则可能因仲裁请求不明确或不属于仲裁范围而不予受理。
   • 例子：劳动者在申请仲裁时，既要求确认劳动关系，又要求解决与两家公司之间的股权纠纷。由于股权纠纷不属于劳动仲裁的受理范围，因此该部分请求可能被不予受理。

3. 证据不足或无法证明劳动关系：

   • 解释：劳动者在申请仲裁时，需要提供充分的证据来证明其与被申请人之间存在劳动关系。如果劳动者提供的证据不足，或者无法有效证明其与两家公司之间均存在劳动关系，则可能因证据不足而不予受理。
   • 例子：劳动者仅提供了与A公司的工作合同，但未能提供与B公司存在劳动关系的任何证据。在此情况下，若劳动者要求确认与B公司的劳动关系，则可能因证据不足而被不予受理。

4. 重复申请或已处理过：

   • 解释：如果劳动者已经就同一事项向劳动仲裁机构申请过仲裁，并且该仲裁请求已经被处理过（无论是裁决还是调解），则劳动者再次就同一事项申请仲裁时，可能因重复申请而不予受理。
   • 例子：劳动者之前已经就与A公司的劳动关系问题申请过仲裁，并且已经得到了裁决或调解结果。若劳动者再次就同一问题申请仲裁，则可能因重复申请而被不予受理。

5. 仲裁机构无管辖权：

   • 解释：劳动仲裁机构对仲裁案件具有地域管辖和级别管辖的规定。如果劳动者选择的仲裁机构对案件无管辖权（例如，选择了非用人单位所在地的仲裁机构），则可能因无管辖权而不予受理。
   • 例子：劳动者与A公司的劳动关系纠纷应当由A公司所在地的劳动仲裁机构管辖。若劳动者选择了非A公司所在地的另一劳动仲裁机构申请仲裁，则可能因无管辖权而被不予受理。

针对以上情况，我给出以下建议：

• 在申请仲裁前，务必确认与哪家公司存在劳动关系，并确保被申请人为实际用工单位。
• 清晰、具体地表述仲裁请求，并确保请求的事项属于劳动仲裁的受理范围。
• 收集并整理充分的证据来证明与被申请人之间存在劳动关系。
• 避免重复申请仲裁，确保每次申请都是基于新的事实或理由。
• 选择具有管辖权的劳动仲裁机构进行申请。

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