针对企业已投产但存在“未批先建”和“无证排污”行为，生态环境部门将依据相关法律法规进行处罚，具体如下：

一、“未批先建”的处罚

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国环境影响评价法》第三十一条规定：“建设单位未依法报批建设项目环境影响报告书、报告表，或者未依照本法第二十四条的规定重新报批或者报请重新审核环境影响报告书、报告表，擅自开工建设的，由县级以上生态环境主管部门责令停止建设，根据违法情节和危害后果，处建设项目总投资额百分之一以上百分之五以下的罚款，并可以责令恢复原状；对建设单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。”

2. 处罚措施：

   • 生态环境部门将责令企业停止建设，并根据违法情节和危害后果，处以建设项目总投资额百分之一以上百分之五以下的罚款。
   • 若企业拒不执行，生态环境部门还可以进一步采取措施，如申请法院强制执行等。

二、“无证排污”的处罚

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国大气污染防治法》第九十九条规定：“违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府生态环境主管部门责令改正或者限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭：（一）未依法取得排污许可证排放大气污染物的；……”
   • 同时，《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条也规定了类似的无证排污处罚措施，即“未依法取得排污许可证排放水污染物的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。”

2. 处罚措施：

   • 生态环境部门将责令企业改正违法行为，或者限制生产、停产整治。
   • 根据违法情节的严重程度，处以十万元以上一百万元以下的罚款。
   • 若情节严重，生态环境部门还可以报经有批准权的人民政府批准，责令企业停业、关闭。

三、综合处罚与后续监管

1. 综合处罚：

   • 对于同时存在“未批先建”和“无证排污”行为的企业，生态环境部门将依据上述法律法规进行综合处罚，可能同时处以罚款、责令停止建设、责令改正、限制生产、停产整治等措施。

2. 后续监管：

   • 生态环境部门将加强对企业的后续监管，确保企业按照法律法规要求进行整改，并依法取得相关环保手续和排污许可证。
   • 若企业拒不整改或继续违法排污，生态环境部门将依法采取更严厉的处罚措施，直至吊销企业的排污许可证或责令停业、关闭。

建议：作为企业，应严格遵守环保法律法规，确保建设项目依法报批环境影响评价文件，并依法取得排污许可证后再进行生产活动。若已存在违法行为，应立即停止并积极整改，以避免更严重的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。