物流公司与司机签订的合作协议是否会被判定为劳动用工关系，主要取决于双方之间的实际合作模式、管理程度以及经济依赖等因素。以下是对这一问题的详细分析：

一、构成劳动关系的情形

1. 签订正式劳动合同：

   • 如果物流公司与司机签订了正式的劳动合同，并明确约定了工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等条款，那么双方之间通常构成劳动关系。

2. 物流公司提供运输工具并管理：

   • 当物流公司为司机提供了运输工具（如货车），并负责车辆的保养、维修和保险等费用，同时要求司机按照公司的规定进行工作，包括遵守公司的工作时间、路线规划、装卸货物等要求时，司机很可能被视为物流公司的员工，双方之间构成劳动关系。

3. 经济依赖与人格从属性：

   • 如果司机在经济上主要依赖于物流公司支付的工资，且在工作中需要服从物流公司的安排和管理，那么这种合作模式下，双方之间更可能构成劳动关系。

二、构成劳务关系的情形

1. 司机以自有车辆提供服务：

   • 当司机以自有车辆为物流公司提供运输服务，并按照运输的次数、里程或货物的重量来结算报酬时，如果双方没有签订正式的劳动合同，且司机在工作中具有较大的自主性（如自行安排工作时间、路线等），那么这种合作模式下，司机与物流公司之间更可能构成劳务关系。

2. 偶尔或非专属性服务：

   • 如果物流公司只是偶尔需要司机的运输服务，或者司机同时为多家物流公司提供服务，并不专属于某一家物流公司，那么这种情况下也更容易被认定为劳务关系。

三、法律建议与风险提示

1. 明确合同性质：

   • 物流公司在与司机签订合作协议时，应明确合同的性质，是劳动关系还是劳务关系，以避免后续的法律纠纷。

2. 完善合同条款：

   • 无论是劳动关系还是劳务关系，合同都应详细列明双方的权利和义务，包括工作内容、工作时间、劳动报酬、社会保险、福利待遇等条款，以确保合同的合法性和有效性。

3. 遵守法律法规：

   • 物流公司在与司机合作过程中，应遵守国家法律法规的规定，不得违反强制性规定或损害社会公共利益。例如，如果构成劳动关系，物流公司应依法为司机缴纳社会保险费用。

4. 寻求法律帮助：

   • 如果物流公司对合作协议的性质存在疑问，或者在与司机合作过程中遇到法律问题，应及时向我咨询，以便获得专业的法律意见和指导。

总结来说，物流公司与司机签订的合作协议是否会被判定为劳动用工关系，需要根据双方之间的实际合作模式、管理程度以及经济依赖等因素来综合判断。物流公司应明确合同性质，完善合同条款，遵守法律法规，并在必要时寻求法律帮助，以确保合作的合法性和有效性。