结论：个人车与物流公司合作多年，是否能认定劳动关系，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。

分析角度一：劳动关系的认定标准

根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动关系的认定通常基于以下几个要素：

1. 主体资格：劳动者和用人单位是否具备相应的主体资格，即劳动者是否达到法定劳动年龄，用人单位是否依法成立。
2. 从属性：劳动者是否在用人单位的管理、指挥、监督下提供劳动，即是否存在人身从属性。
3. 有偿性：劳动者是否因提供劳动而获得相应的报酬，即是否存在经济从属性。
4. 业务相关性：劳动者提供的劳动是否是用人单位业务的组成部分。

在个人车与物流公司的合作中：

• 如果个人车司机接受物流公司的管理、指挥和监督，按照物流公司的要求提供运输服务，并因此获得报酬，且这种运输服务是物流公司业务的组成部分，那么双方之间可能构成劳动关系。
• 如果个人车司机只是按照自己的意愿和安排提供运输服务，物流公司不对其进行管理、指挥和监督，也不固定支付报酬，而是根据运输任务完成情况支付费用，那么双方之间可能不构成劳动关系，而是构成承揽关系或其他民事关系。

分析角度二：合作协议的性质

个人车与物流公司之间的合作协议也是判断双方关系性质的重要依据。如果合作协议中明确约定了双方的权利和义务，包括工作方式、报酬支付、管理方式等，且这些约定符合劳动关系的特征，那么双方之间可能构成劳动关系。如果合作协议更侧重于约定运输任务的完成、费用支付等事项，而不涉及对个人车司机的管理、指挥和监督，那么双方之间可能不构成劳动关系。

分析角度三：实际履行情况

除了合作协议外，双方的实际履行情况也是判断劳动关系的重要依据。如果在实际履行过程中，物流公司对个人车司机进行了管理、指挥和监督，个人车司机也接受了这种管理，并按照物流公司的要求提供运输服务，那么双方之间可能构成劳动关系。如果实际履行情况与合作协议不符，或者合作协议本身不明确，那么需要根据实际履行情况来判断双方的关系性质。

建议：

1. 审查合作协议：仔细审查个人车与物流公司之间的合作协议，明确双方的权利和义务，特别是关于工作方式、报酬支付、管理方式等方面的约定。
2. 收集证据：收集能够证明双方关系性质的证据，如工作记录、报酬支付凭证、管理指令等。
3. 咨询专业律师：如果对双方的关系性质存在疑问或争议，建议咨询专业律师，以便根据具体情况提供法律意见和帮助。

后续行动：

如果您或您身边的人遇到类似情况，且对劳动关系的认定存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。