结论：自建房包工头使用自己的银行卡付款是否违法，不能一概而论，需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
正常业务往来：
- 如果包工头使用自己的银行卡付款是为了支付正常的工程款项，如材料费、工人工资等，且这些款项的支付符合合同约定和法律规定，那么这种行为是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。包工头作为合同的一方，有权按照合同约定支付款项。
个人资金管理：
- 包工头可能出于个人资金管理的便利，选择使用自己的银行卡进行付款。只要这种行为不违反法律法规，且不影响工程款项的合法支付，那么也是合法的。
二、违法情形
逃避税收监管：
- 如果包工头使用自己的银行卡付款是为了逃避税收监管，如将工程款项转入个人账户以隐瞒收入，那么这种行为是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，纳税人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款。逃避税收监管的行为将受到法律的制裁。
挪用工程资金：
- 如果包工头未经业主或相关方同意，擅自使用自己的银行卡将工程资金挪作他用，如用于个人消费或投资其他项目，那么这种行为也是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》中关于挪用资金罪的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。虽然自建房工程可能不直接适用此条款，但挪用资金的行为性质是相似的，可能构成其他违法或犯罪行为。
违反合同约定：
- 如果合同中明确规定了工程款项的支付方式和账户，而包工头未经业主或相关方同意，擅自使用自己的银行卡进行付款，违反了合同约定，那么这种行为可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
三、建议与风险提示
合规操作：
- 包工头在支付工程款项时，应严格遵守合同约定和法律法规的规定，确保款项的支付合法、合规。
保留证据：
- 包工头应妥善保留与工程款项支付相关的证据，如转账记录、收据、合同等，以便在发生纠纷时能够证明自己的合法权益。
咨询专业意见：
- 如果包工头对工程款项的支付存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关机构的意见，以确保自己的行为合法合规。
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