结论前置：自离公司扣一半工资的行为，通常是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资，应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。下面我将从多个角度为你详细分析并给出建议。
一、法律依据与权益明确
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法律规定的特殊情况（如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等），否则公司无权随意扣除你的工资。
《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。你自离，即与公司解除了劳动关系，公司应一次性付清你的工资，而不是扣除一半。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条及第八十五条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，将受到相应处罚，并需支付赔偿金。
二、初步行动与证据收集
查看劳动合同与公司规章制度：
- 仔细查阅劳动合同中关于工资支付、离职结算的约定，确认公司是否有权在自离情况下扣除工资。
- 了解公司规章制度中对于离职员工工资扣除的规定，并确认其是否经过民主程序制定并向劳动者公示，以确保其具有法律效力。若规章制度未经公示或未经过民主程序，则可能不具备法律效力，不能作为扣除工资的依据。
与公司沟通协商：
- 主动与人力资源部门或上级领导沟通，了解扣除工资的具体原因，并要求公司提供明确的依据。
- 在协商过程中，保持礼貌但态度坚定，明确指出公司扣除工资的行为不合法，要求纠正并补发工资。同时，保留好沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续使用。
证据收集：
- 收集并整理好劳动合同、工资条、银行转账记录、考勤记录以及与公司的沟通记录等关键证据。这些证据在后续的维权过程中将起到至关重要的作用。
三、正式维权途径
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，需准备身份证、劳动关系证明（如劳动合同、工作证）、克扣工资证据等材料。
- 劳动监察部门将对公司进行调查处理，并可能责令公司改正违法行为，足额支付工资。若公司拒不执行，劳动监察部门还可以采取进一步的行政处罚措施。
申请调解：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，你可以向调解组织申请调解，以寻求和解协议。调解组织通常包括企业劳动争议调解委员会、基层人民调解组织等。
- 调解过程中，调解员会协助双方沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。若调解成功，双方将签订和解协议，具有法律效力。
申请劳动仲裁：
- 若调解失败或未达成满意结果，你可以在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提交仲裁申请书及相关证据材料，参与开庭审理，等待仲裁委的裁决。仲裁委将根据事实和法律规定，作出公正的裁决。若公司不履行仲裁裁决，你还可以向法院申请强制执行。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不服，你可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 法院将依法审理案件，并作出最终判决。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来支持自己的主张，并遵守法庭程序和规定。
四、注意事项
- 维权时限：务必注意维权时限，劳动争议申请仲裁的时效期间一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，你需要尽快采取行动，以免错过维权时机。
- 全程保留证据：在处理整个问题的过程中，始终要保留好所有相关证据。这些证据不仅有助于证明你的权益，还能在后续的法律程序中发挥重要作用。
总结与建议：自离公司扣一半工资是不合法的行为。你应首先尝试与公司协商解决，若协商无果，可向劳动监察部门投诉、申请调解、申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，务必保留好相关证据，并了解法律规定和维权途径。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。