代建协议中发票由丙方开具、付款支付给乙方的情形是否合规，需结合具体交易模式、合同约定及税法规定综合判断，可能存在合规与不合规两种情形，具体分析如下：

一、可能合规的情形：符合“三流一致”的实质要求

若代建协议中明确约定丙方为实际服务提供方（如丙方是施工方、供应商等），乙方仅作为代收代付方或管理方，且满足以下条件，则该模式可能合规：

1. 合同约定清晰：协议中明确约定丙方为服务提供方，乙方仅负责代收代付或项目管理，且甲方（委托方）知晓并同意该安排；
2. 资金流与业务流匹配：甲方付款给乙方后，乙方需将款项全额转付给丙方，且转付凭证（如银行流水、委托付款协议等）完整；
3. 发票与业务一致：丙方开具的发票内容与实际提供的服务/货物一致（如施工费、材料费等），且符合税法规定的开票要求；
4. 税务处理合规：乙方若未实际参与业务，仅作为“通道”角色，需确保不产生增值税、企业所得税等纳税义务（如避免被认定为“虚开发票”或“代开代缴”风险）。

典型场景：甲方委托乙方管理代建项目，但实际施工由丙方完成。乙方与丙方签订分包协议，甲方付款给乙方后，乙方立即转付丙方，丙方按实际业务开具发票给甲方。

二、可能不合规的情形：存在“三流不一致”风险

若以下条件不满足，则可能被认定为不合规，甚至涉及税务风险：

1. 合同约定模糊：协议未明确丙方的实际服务提供方身份，或甲方不知情丙方的参与，可能被认定为“虚构业务”；
2. 资金流断裂：乙方未将款项全额转付丙方，或存在截留、挪用资金情形，可能涉及“资金回流”问题；
3. 发票与业务脱节：丙方开具的发票内容与实际业务不符（如开具“咨询费”但实际为施工费），或乙方未取得丙方合法票据即向甲方开具发票，可能被认定为“虚开发票”；
4. 税务义务混淆：乙方若被认定为实际服务提供方（如通过协议安排、资金控制等），但未申报纳税，可能面临补税、罚款等风险。

典型风险：甲方为降低税负，要求乙方找丙方“过票”（即丙方无实际业务但开具发票），或乙方为隐藏收入，通过丙方走账但未申报纳税，均可能触发税务稽查。

三、合规建议

1. 完善协议条款：明确各方权利义务，尤其是丙方的实际服务提供方身份、乙方代收代付的权限及资金转付要求；
2. 规范资金流程：确保资金流向清晰可追溯，避免截留或回流，保留完整转付凭证；
3. 严格发票管理：要求丙方按实际业务开具合规发票，乙方需审核发票真实性及与业务的匹配性；
4. 咨询税务机关：对复杂交易模式，可提前向主管税务机关沟通，确认操作合规性。

若您需进一步分析具体协议条款或交易模式，可直接向我提供详细信息，我将结合税法及合同法律为您定制合规方案。