核心结论：三方协议中约定款项付给乙方、发票由丙方开具，在符合特定条件时是可行的，但需谨慎处理以避免税务和法律风险。

1. 合同自由原则下的可能性
   根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。三方协议本质上是甲、乙、丙三方共同签署的合同，只要协议内容不违反法律强制性规定（如虚开发票、逃避税收等），各方可自由约定款项支付对象和发票开具方。例如：

   • 甲方委托乙方提供服务，但要求丙方（如乙方关联公司或财务代理方）开具发票，同时将款项直接支付给乙方以简化流程；
     
   • 丙方为实际服务提供方，但因资质或税务优化需求，通过乙方收款并由丙方开票（需确保资金流、发票流、业务流一致）。
     

2. 税务合规性要求
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务的单位或个人应当向付款方开具发票。若协议约定“款项付乙方、发票开丙方”，需满足以下条件以避免被认定为“虚开发票”：

   • 业务真实性：丙方需实际参与交易（如提供服务、货物），且乙方与丙方之间存在合法委托或分包关系；
     
   • 三流一致：资金流（甲方→乙方）、发票流（丙方→甲方）、业务流（丙方实际执行）需相互印证；
     
   • 协议明确性：三方协议中需清晰约定各方的权利义务（如丙方开票的合法性、乙方收款后的资金用途等），并留存相关证据（如委托付款协议、服务成果交付证明等）。
     

3. 潜在风险与防范

   • 税务风险：若税务机关认定丙方无实际业务而开票，可能构成“虚开发票”，导致补税、罚款甚至刑事责任；
     
   • 合同纠纷：若协议条款模糊，可能引发三方对付款、开票责任的争议（如甲方以未收到发票为由拒付，或乙方主张款项归属权）；
     
   • 防范建议：
     
     • 在协议中明确约定“丙方开票的合法性及税务责任承担方”；
       
     • 要求丙方提供其参与业务的证明（如服务合同、物流单据等）；
       
     • 避免“资金回流”（如乙方收款后立即转回甲方或丙方），否则易被认定为虚开。
       

总结：三方协议的此类安排需以业务真实、三流一致为前提，并通过协议条款明确各方责任。建议在实际操作前，结合具体交易模式咨询税务机关或专业律师，确保合规性。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。