结论：一般情况下，甲方不能直接以开给乙方的发票入账，需根据具体业务实质和发票合规性来判断。以下是详细分析：

1. 发票的合规性要求

根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税法规定，发票的开具和入账需满足“三流一致”原则，即资金流、发票流、货物流（或服务流）需相互对应。若甲方收到的发票是开给乙方的，则发票的“受票方”为乙方，与甲方的实际交易主体不符，直接入账可能被认定为不合规发票，存在税务风险（如进项税额不得抵扣、企业所得税前不得扣除等）。

2. 三方协议的特殊性

若三方协议中明确约定：

• 甲方是实际购买方，乙方仅作为代收代付方或中间方，且发票由丙方（销售方）直接开具给甲方（但实际开具给了乙方），此时需通过协议条款+资金流向+业务实质证明甲方是真实交易方。这种情况下，甲方可能需要求丙方重新开具合规发票，或通过税务机关认可的“发票冲红重开”流程处理，而非直接使用开给乙方的发票入账。
• 乙方是实际购买方，甲方仅作为担保方或资金提供方，则发票开给乙方是合理的，甲方无权以该发票入账（除非甲方实际承担了费用且协议明确约定可入账，但需补充协议或说明）。

3. 税务风险与实务建议

• 风险点：若甲方强行以开给乙方的发票入账，可能被税务机关认定为“虚开发票”或“不合规发票”，导致补缴税款、滞纳金甚至罚款。
• 建议操作：
  1. 核对协议条款：确认三方协议中关于发票开具、交易主体、资金流向的约定。
  2. 要求重开发票：若甲方是实际交易方，应要求销售方（丙方）冲红原发票并重新开具给甲方。
  3. 补充协议或说明：若无法重开发票，需通过三方补充协议或情况说明，明确费用承担方及发票处理方式，并留存备查。
  4. 咨询税务机关：部分地区税务机关可能对特殊业务有灵活处理政策，可提前沟通确认。

4. 例外情形

若三方协议属于委托付款或代理关系（如甲方委托乙方代付货款，但实际交易方为甲方和丙方），且协议中明确约定发票可由甲方入账，同时资金流、货物流能匹配，则可能被税务机关认可。但此类情形需严格符合税法规定，实务中操作谨慎。

总结：甲方能否以开给乙方的发票入账，需结合协议实质、资金流向、税务合规性综合判断。建议优先通过重开发票或补充协议解决，避免直接使用不合规发票导致税务风险。如有具体协议或业务场景，可进一步提供细节，我会协助分析合规路径。