法院直接变更民间借贷法律关系判决还款，这一行为在通常情况下是不合法的。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法律关系的稳定性：

   • 民间借贷法律关系是基于双方当事人的真实意思表示而建立的，一旦成立，就具有法律上的约束力。
   • 法院作为司法机关，其职责是依据法律对案件进行裁判，而不是随意变更当事人之间的法律关系。

2. 判决的合法性：

   • 法院的判决必须基于事实和法律，不能超越或偏离当事人的诉讼请求和案件事实。
   • 如果法院直接变更了民间借贷法律关系，那么这种变更很可能没有充分的法律依据，从而构成违法判决。

3. 程序的正当性：

   • 在民事诉讼中，法院应当遵循法定的诉讼程序，保障当事人的诉讼权利。
   • 如果法院未经法定程序就直接变更法律关系，那么这种程序上的瑕疵也可能导致判决的合法性受到质疑。

4. 例外情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况，比如当事人之间通过调解等方式达成了新的协议，或者法院在审理过程中发现了新的法律事实，这些情况下法院可能会根据新的情况作出相应的判决。
   • 但这些例外情况并不改变法院不能随意变更民间借贷法律关系这一基本原则。

综上所述，法院直接变更民间借贷法律关系判决还款是不合法的。如果当事人对法院的判决有异议，可以通过上诉、申诉等合法途径来维护自己的权益。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。