公交公司车辆用于通勤是否合法，需分情况讨论：
若公交公司车辆用于自身员工通勤，且车辆性质、运营手续符合规定：
- 公交公司作为企业，有权根据自身需求安排车辆用于员工通勤。这种情况下，只要车辆本身符合道路交通安全法规的要求（如车辆年检合格、驾驶员具备相应资质等），且未违反公交运营的相关规定（如未擅自改变公交车辆用途、未影响正常公交服务等），那么这种通勤行为是合法的。
若公交公司车辆用于非员工通勤（如对外提供通勤服务），则需考虑运营资质和合同约定：
- 运营资质：公交公司若想对外提供通勤服务，需确保具备相应的运营资质。这通常涉及到交通运输主管部门的审批和许可，包括车辆数量、类型、驾驶员资质等方面的要求。若公交公司未取得相关资质而擅自提供通勤服务，则可能构成非法运营，面临行政处罚。
- 合同约定：若公交公司与通勤服务的使用方（如企业、学校等）签订了通勤服务合同，则双方需按照合同约定履行各自义务。公交公司需确保提供的服务符合合同要求，包括车辆状况、驾驶员服务、通勤时间等方面的约定。若公交公司违反合同约定，则可能承担违约责任。
特殊情况下的合法性考量：
- 在某些特殊情况下，如政府组织的应急通勤、公益活动等，公交公司车辆可能被临时征用或调配用于通勤。这种情况下，公交公司需遵循政府的相关指示和安排，确保通勤行为的合法性和合规性。
法律建议：
- 对于公交公司而言，若想合法开展通勤服务，建议先了解并遵守相关法律法规和政策要求，确保具备相应的运营资质和条件。同时，在与通勤服务使用方签订合同时，应明确双方的权利和义务，避免产生纠纷。
- 对于通勤服务的使用方而言，建议在选择公交公司作为通勤服务提供商时，仔细审查其运营资质和合同条款，确保自身权益得到保障。
可能法律后果：
- 若公交公司未取得相关资质而擅自提供通勤服务，可能面临交通运输主管部门的行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 若公交公司违反合同约定提供通勤服务，可能承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
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