行政机关配备通勤车是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 行政机关使用财政资金配备通勤车的合法性

   • 合法情形：若行政机关使用财政资金配备通勤车，且该行为符合当地财政部门或相关政府部门的预算安排和审批程序，同时车辆的使用符合公务用车的相关规定（如用于公务出行、接送工作人员等），则这种行为是合法的。例如，某些偏远地区或交通不便地区的行政机关，为了保障工作人员的正常通勤和公务活动的顺利开展，可能会配备通勤车。

   • 违法情形：若行政机关未经批准擅自使用财政资金配备通勤车，或者车辆的使用超出了公务用车的范围（如用于私人出行、接送非工作人员等），则可能构成违法。这种行为可能违反了财政资金管理规定和公务用车管理规定，需要承担相应的法律责任。

2. 行政机关通过其他方式（如租赁、借用等）获取通勤车的合法性

   • 合法情形：若行政机关通过合法途径（如与租赁公司签订租赁合同、向其他单位借用等）获取通勤车，且车辆的使用符合相关规定（如用于公务出行、接送工作人员等），同时租赁或借用行为本身也符合法律法规和单位内部规定，则这种行为是合法的。

   • 违法情形：若行政机关通过非法途径获取通勤车（如私自购买、盗用等），或者车辆的使用超出了规定范围，或者租赁、借用行为本身违反了法律法规和单位内部规定（如未签订合法合同、未履行审批程序等），则可能构成违法。

3. 通勤车的使用和管理规定

   • 无论行政机关通过何种方式获取通勤车，都需要遵守相关的使用和管理规定。例如，车辆需要定期进行维护和保养，确保安全性能；驾驶员需要具备相应的驾驶资格和经验；车辆的使用需要记录行程和费用等。若行政机关未能遵守这些规定，也可能面临法律责任。

建议：

• 对于行政机关而言，在配备通勤车前，应充分了解并遵守相关的法律法规和单位内部规定，确保行为的合法性。
• 若对通勤车的配备和使用存在疑问或争议，建议及时咨询相关部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。

如有任何关于行政机关配备通勤车的法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。