机关工勤人员被立案调查时，其年度考核结果等次的确定需结合具体情形及单位内部规定综合判断，通常遵循以下原则：

1. 立案调查期间考核等次暂缓确定
   根据《事业单位工作人员处分暂行规定》及机关事业单位考核制度，若工勤人员因涉嫌违纪违法被立案调查但尚未作出结论，单位一般应暂缓确定其当年考核等次。待调查终结后，根据最终处理结果（如给予处分、撤销案件或不起诉等）再行补定考核等次。

2. 调查结果影响考核等次的情形

   • 若调查后认定存在违纪违法行为：根据处分种类（警告、记过、降低岗位等级、开除等）直接确定考核等次。例如，受警告处分的当年，考核不得确定为优秀等次；受降低岗位等级处分的，当年及第二年考核均不得确定为基本合格及以上等次。
     
   • 若调查后撤销案件或不起诉：单位应恢复其考核资格，并根据其实际工作表现重新评定等次。若因立案调查导致其无法正常履职，可能被评定为基本合格或不合格，但需以单位内部考核细则为准。

3. 单位自主权与程序要求
   机关工勤人员的考核等次最终由单位根据内部规章制度决定，但需遵循以下程序：

   • 考核委员会或领导小组应依据调查结果、工作表现、群众评价等综合评定；
     
   • 考核结果需公示并听取本人意见，若对结果有异议可申请复核；
     
   • 考核等次需报上级主管部门备案（如涉及处分）。

建议：若您或所在单位面临此类情形，需重点审查单位考核制度是否明确立案调查与考核等次的关联规则，并确保程序合法合规。如有争议，可进一步提供具体案情（如立案原因、单位规定等），以便针对性分析。