结论：鉴定费的承担问题需根据具体情况判断，一般可能由原告、被告或双方分担，具体取决于案件事实、双方过错程度及法院的最终裁决。以下是对此问题的详细分析：

1. 鉴定费承担的一般原则：

   • 在合同纠纷中，鉴定费通常被视为诉讼费用的一部分。根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。但鉴定费的具体承担方式，还需结合案件的具体情况和法院的裁判实践。
   • 如果鉴定结论支持了原告的诉求，即原告的主张得到了法院的认可，那么鉴定费可能会由被告承担，因为被告的行为导致了诉讼的发生和鉴定费用的产生。
   • 反之，如果鉴定结论未支持原告的诉求，或者原告的主张被法院驳回，那么鉴定费可能会由原告自行承担，因为原告未能提供充分的证据支持其主张。

2. 鉴定费承担的具体情况：

   • 双方协商：在诉讼过程中，双方当事人可以就鉴定费的承担问题进行协商，并达成一致意见。如果双方能够协商成功，那么鉴定费可以按照协商的结果进行承担。
   • 法院裁决：如果双方无法就鉴定费的承担问题达成一致意见，那么法院将根据案件的具体情况、双方当事人的过错程度以及鉴定结论对案件的影响等因素，综合判断鉴定费的承担方式。法院可能会裁决由被告承担全部或部分鉴定费，也可能会裁决由原告自行承担鉴定费，或者裁决双方分担鉴定费。

3. 针对本案例的具体分析：

   • 在本案例中，原告申诉1万元赔偿，但鉴定机构主张3000元赔偿。这表明鉴定结论并未完全支持原告的主张。因此，在鉴定费的承担问题上，法院可能会考虑原告的主张与鉴定结论之间的差异程度，以及双方当事人在诉讼过程中的行为表现等因素。
   • 如果法院认为原告的主张过于夸大或缺乏充分证据支持，而鉴定结论相对客观合理，那么法院可能会裁决由原告自行承担部分或全部鉴定费。
   • 如果法院认为被告在合同履行过程中存在过错或违约行为，且该行为与鉴定费用的产生有一定关联，那么法院可能会裁决由被告承担部分或全部鉴定费。

建议：

• 在处理此类合同纠纷时，建议双方当事人积极协商解决争议，以减少诉讼成本和鉴定费用的产生。
• 如果协商无果，建议及时咨询专业律师（即我本人，母德乘律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），以便更好地了解自身权益和诉讼风险，并制定合理的诉讼策略。
• 在诉讼过程中，双方当事人应积极配合法院的调查和鉴定工作，提供真实、完整的证据材料，以便法院能够准确判断案件事实和鉴定结论的合理性。